本辦法依據畜牧法（簡稱本法）第四十三條第二項規定訂定之。
本法中華民國九十三年四月十四日修正施行前，飼養家畜、家禽已達中央主管機關公告指定之飼養規模以上者，因土地使用或建築管理等限制，而未能依本法施行細則第四條規定辦理畜牧場登記者，應自本辦法發布之日起至民國九十六年十二月三十一日止向所在地鄉（鎮、市、區）公所申請畜禽飼養登記。
申請畜禽飼養登記應填具申請書（格式如附件一），報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關核發畜禽飼養登記證。
申請畜禽飼養登記時應檢附下列書件：一、負責人及主要管理人之身分證明文件影本。
二、畜禽飼養場坐落位置之土地登記謄本及地籍圖謄本。
但直轄市或縣（市）地政主管機關能提供網路查詢者，得免予檢附。
三、畜禽飼養場位置圖及配置圖或地政機關建物複丈成果圖。
四、畜牧設施說明書。
五、死廢畜禽廢棄物處理計畫書。
已辦理登記之畜禽飼養場，其負責人應於該管直轄市或縣（市）主管機關核發畜禽飼養登記證之日起二個月內，依環境保護法令規定向所在地環境保護主管機關提送污染防治措施計畫。
核發畜禽飼養登記證（格式如附件二）應載明下列事項：一、場名。
二、負責人及主要管理人。
三、場址。
四、畜牧設施及面積。
五、飼養畜禽種類及規模。
六、畜禽飼養登記證有效期限。
畜禽飼養登記證有效期限為五年，期滿仍須繼續飼養者，應於期限屆滿前三個月內填具展延申請書（格式如附件三）及檢附原畜禽飼養登記證，報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關予以展延並換發新證。
已辦理登記之畜禽飼養場，不得擴大飼養規模、新建、增建、改建畜禽舍或其他畜牧設施，或變更場址或飼養家畜、家禽種類。
但為改善環境污染或資源回收再利用之必要設施，或因防疫需要，改善為未超過畜禽飼養登記證畜牧設施面積之密閉式或非開放式禽舍者，不在此限。
畜禽飼養登記證除前條限制規定外，有變更時，應於事實發生後一個月內填具變更申請書（格式如附件四）及檢附原畜禽飼養登記證，報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查，符合規定者轉送該管直轄市或縣（市）主管機關變更登記並換發新證。
已辦理登記之畜禽飼養場違反前二條規定者，應由所在地鄉（鎮、市、區）公所報請該管直轄市或縣（市）主管機關除依本法規定處罰外，直轄市或縣（市）主管機關並得通知限期改善或辦理，屆期不改善或辦理者，按次分別處罰。
已辦理登記之畜禽飼養場歇業時，應於事實發生後一個月內填具歇業報告書（格式如附件五），連同畜禽飼養登記證，報經所在地鄉（鎮、市、區）公所審查後轉送該管直轄市或縣（市）主管機關註銷其畜禽飼養登記證，直轄市或縣（市）主管機關於辦理註銷時，應同時副知中央主管機關。
直轄市或縣（市）主管機關依第三條、第八條、第九條規定核准畜禽飼養登記及變更登記時，應同時副知中央主管機關。
已辦理登記之畜禽飼養場如依本法完成畜牧場登記後，應於一個月內將原領得之畜禽飼養登記證繳交所在地鄉（鎮、市、區）公所轉請該管直轄市或縣（市）主管機關註銷之。