用水計畫審查費收費標準如下：一、計畫用水量日平均在三百立方公尺以上，且在三千立方公尺以下者，每件新臺幣三萬元。
二、計畫用水量日平均超過三千立方公尺，且在二萬立方公尺以下者，每件新臺幣六萬元。
三、計畫用水量日平均超過二萬立方公尺者，每件新臺幣十萬元。
四、依水利法第五十四條之三第六項規定提出用水計畫之計畫用水量，自提出當年度起無增加者，每件新臺幣六千元。
受理機關收受用水計畫後，認為其程序及書件符合用水計畫審核管理辦法相關規定者，應以書面通知申請人於十五日內繳納審查費；屆期未繳納者，不予審查，並退回用水計畫。
受理機關於申請人依規定繳費後，經審查其計畫用水量已達另一用水量之收費標準者，應通知申請人於十五日內補繳差額；屆期未繳納者，不予審查，並退回用水計畫。
但計畫用水量經審查應予減少，致未達原已繳交之水量收費標準者，不退還其差額。
申請人應以現金、銀行本行本票、郵政匯票或即期支票繳納審查費。
申請人依本標準規定繳納審查費後，除有溢繳或誤繳情形外，不得要求退費。
用水計畫經核定後，申請修正用水計畫者，以新申請案件收費；申請廢止、撤銷及核減用水量者，免收費用。