本辦法依再生水資源發展條例（以下簡稱本條例）第四條第四項規定訂定之。
本條例第四條所稱水源供應短缺之虞地區，指區域水資源經理基本計畫之各地區供需分析，經中央主管機關檢討水源開發情勢、水源整體調配措施、系統再生水發展潛勢及其他相關因素，於目標年自來水可供水量無法滿足需求水量，並經其公告之地區。
水源供應短缺之虞地區之直轄市、縣（市）主管機關應每年定期公告轄內公共下水道系統廢（污）水或放流水總量與其可供申請量及相關資訊。
開發單位興辦開發行為位於水源供應短缺之虞地區，且用水計畫之計畫用水量達每日三千立方公尺以上者，應依中央主管機關核定之用水計畫，使用系統再生水。
本辦法發布前核定之用水計畫，因變更開發行為致用水計畫之計畫用水量累計達每日三千立方公尺以上者，其擴增水量部分應依用水計畫審查結果，使用系統再生水。
前二項應使用系統再生水之一定比率如下，其用水包含生活、其他及工業用水者，每日應使用系統再生水量得合計之：一、用水計畫中屬生活及其他用水，應使用百分之十以上系統再生水。
二、用水計畫中屬工業用水，應使用百分之五十以上系統再生水。
依前項核計每日應使用系統再生水量未達一千立方公尺者，得免依前項規定使用系統再生水。
中央主管機關應以開發行為於開發及營運期程間位於政府興辦再生水開發案供水區域內，為核定第一項及第二項規定使用系統再生水期程及對應水量之依據；並得視下水道系統及再生水開發案供應條件，調整第三項使用系統再生水之比率。
開發單位興辦或變更開發行為位於水源供應短缺之虞地區之認定，以其用水計畫審查期間中央主管機關最新公告為準。
本條例第四條第二項規定實際用水情形與用水計畫內容差異達一定比率或一定規模者，指經中央主管機關查核實際用水量連續三年均未達各該年度核定用水量百分之七十且差異量達平均每日三千立方公尺以上者。
符合前項規定之開發單位，應提出差異分析報告送中央主管機關審查，中央主管機關得視其用水差異情形，調整或核減其用水計畫原核定之各年度至終期計畫用水量，或於差異範圍內調整使用一定比率之系統再生水。
前項調整使用系統再生水之一定比率，由中央主管機關評估水源供應條件、產業用水特性、開發單位節水成效、鄰近公共下水道系統及再生水廠建設情形及其他相關因素，視個案情形審議決定之，其比率應低於前條第三項規定之比率。
依水利法第五十四條之三第六項規定提出之用水計畫，位於水源供應短缺之虞地區，除既有用水需求外，有新增或變更需擴增水量，致用水計畫之計畫用水量累計達每日三千立方公尺以上者，其擴增水量部分應依用水計畫審查結果使用系統再生水之一定比率，準用第四條第三項規定。
應使用系統再生水之開發單位得與同一水源供應短缺之虞地區內之既有用水事業交換水源，以代替履行其使用系統再生水之義務。
開發單位及代替履行者應提出用水計畫及經公證之代替履行契約，送中央主管機關審查核定後，始得為之。
前項代替履行者所提之用水計畫應含實際用水紀錄及依本條例第十一條規定之廢（污）水或放流水使用許可或其與再生水經營業間之再生水購水契約。