本辦法依學校型態實驗教育實施條例（以下簡稱本條例）第二十五條第二項規定訂定之。
本辦法適用對象為國立高級中等以下學校（以下簡稱學校）。
前項學校附設國民中學部、國民小學部者，各該部應併同辦理學校型態實驗教育（以下簡稱實驗教育）。
學校辦理實驗教育者，自辦理日起每年級招收之學生人數，依本條例第十四條第一項第一款第二目，不得超過五十人。
但辦理前學校學生總人數符合規定者，已入學學生併同實施實驗教育，並繼續就讀至畢業止，不受每年級五十人規定之限制。
教育部（以下簡稱本部）指定辦理實驗教育之學校，應具備下列各款條件之一：一、高級中等學校最近一次校務評鑑之各評鑑項目達八十分以上；其附設有國民中學部、國民小學部者，各該部經本部進行訪視通過者。
二、國民中學、國民小學經本部進行訪視通過者。
三、因應整體教育創新或發展政策、學校地緣位置或教育資源分布，有指定必要者。
學校具備前項第一款或第二款條件，並經校務會議通過者，得向本部申請辦理實驗教育。
學校申請或經指定辦理實驗教育者，應以校長為實驗教育計畫主持人（以下簡稱計畫主持人）；必要時，由本部指定自然人、經核准立案之學術團體或設立宗旨與教育事業相關機構之代表人或負責人，擔任計畫主持人。
本部得依學校辦理實驗教育之需要，寬籌經費給予必要之協助。
學校型態實驗教育計畫（以下簡稱實驗教育計畫）內容有變更之必要時，計畫主持人應於預定變更之該學年度開始六個月前，向本部提出申請，經送學校型態實驗教育審議會（以下簡稱實驗教育審議會）審議通過，由本部核定後，始得辦理。
實驗教育計畫有停辦或不續辦之必要時，計畫主持人應於預定停辦或不續辦之該學年度開始六個月前，向本部申請，經送實驗教育審議會審議通過，並由本部核定後，始得辦理。
前項停辦或不續辦之申請，應擬具計畫書，載明下列事項：一、停辦或不續辦之原因。
二、期程規劃。
三、停辦期間或不續辦後，學校設施設備、檔案資料之管理維護方式。
四、教職員工之離退處理措施。
五、學生之輔導轉學措施。
六、其他有關停辦或不續辦事務之規劃。
學校申請停辦或不續辦，除前項計畫書外，並應擬具恢復原有辦學型態計畫書，載明下列事項：一、整體發展方向及特色。
二、校地面積及校舍相關資料。
三、教學單位及行政單位之規劃。
四、擬設科、學程及班級。
五、擬聘校長及師資之規劃。
六、圖書、儀器等教學設備之規劃。
七、學校經費概算、財務規劃、經費來源及其證明文件。
八、期程規劃。
九、其他恢復原有辦學型態之相關事項。
經許可辦理實驗教育之學校違反本條例或實驗教育計畫、經實驗教育評鑑結果為待改善或不通過或有影響學生權益之情事時，本部應採取下列全部或部分措施：一、輔導。
二、糾正。
三、限期整頓改善。
四、停止招生或減少招生人數。
五、停辦實驗教育計畫。
本部對學校採取前項第四款、第五款之措施或廢止原指定前，應先提經實驗教育審議會審議通過，並對就讀學生採取必要之補救措施。
學校經本部命停辦實驗教育計畫後，應恢復原有辦學型態，並於本部指定期限內，依前條第二項及第三項規定擬具計畫書報本部。
實驗教育計畫經停辦或不續辦者，學校應依學生意願留校或輔導轉學；必要時，得由本部自行或商請直轄市、縣（市）主管機關協助分發學生至其他學校。