本辦法依學校衛生法（以下簡稱本法）第八條第二項規定訂定之。
各級學校（以下簡稱學校）實施學生健康檢查之對象、項目及方法，應依中央主管機關所定之學生健康檢查基準表（如附表）規定辦理。
學校實施學生健康檢查，應委託醫院、診所或所在地醫師公會承辦。
但學生身高、體重、視力檢查，得由學校護理人員為之，並由教師協助實施。
前項學生健康檢查業務，應由合格且完成執業登記之醫事人員為之。
第一項診所之資格及條件，直轄市、縣（市）主管機關主管之高級中等以下學校及國立國民中小學，由所在地直轄市、縣（市）主管機關會商當地衛生主管機關定之；中央主管機關主管之高級中等學校，由中央主管機關會商學校所在地衛生主管機關定之；專科以上學校，由學校定之。
學校辦理新生入學時，應進行學生健康基本資料調查，並作成紀錄。
學生健康基本資料應包括家族疾病史、個人疾病史、特殊疾病現況、預防接種紀錄及其他相關資料。
家長知悉學生罹患本法第十二條所列疾病者，應以書面通知學校；學生已成年或有行為能力，知悉本人罹患本法第十二條所列疾病者，亦同。
學校辦理學生健康檢查前，應通知學生及家長，說明檢查之意義、項目及注意事項，並將學生健康基本資料及平日健康狀況，提供檢查人員參考。
學生健康檢查實施後一個月內，應將檢查結果通知學生及家長。
但學生已成年或有行為能力者，應經本人同意後，始得將檢查結果通知家長。
學校對健康檢查結果發現異常之學生，應自行或協助家長採取下列相關措施：一、實施健康指導，輔導學生對異常項目進行轉介複查及適當矯治，並予追蹤。
二、對罹患傳染性疾病學生，應依衛生主管機關相關法令辦理。
三、對罹患特殊疾病學生，應進行個案管理，並妥適安排其參與之活動。
前項處理措施執行過程，應妥為記錄。
學校應將學生健康檢查及矯治結果，依規定格式予以記錄並建檔、統計，必要時，應知會相關人員共同維護學生活動安全，並依健康檢查結果辦理學生健康促進活動。
前項學生健康檢查紀錄卡格式，由中央主管機關定之。
本辦法未規定之學生健康檢查相關執行事宜，各直轄市、縣（市）主管機關得另定補充規定辦理之。
本辦法自發布日施行。
本辦法中華民國九十九年十月五日修正發布之第二條附表，自九十九年八月一日施行。
本辦法中華民國一百零九年四月二十三日修正發布之第二條附表，自一百零九年八月一日施行。