國防部高等軍事法院及其分院（以下簡稱本院及其分院）為處理內部單位之分工職掌，特訂定本細則。
院長綜理院務，指揮、監督所屬人員，並應隨時考查本院及所屬分院案件進行情形，注意其辦案期限。
院長之權責事項如下：一、本院施政方針及工作計畫之決定。
二、法律建議案之核定及本院依職權訂定行政規則之核頒。
三、本院庭數、員額之擬議。
四、裁判書及決定書之審閱。
五、編制預算及長期概算案之指導。
六、本院所屬人員工作監督指導、獎懲及考核。
七、重要行政文件之判行。
八、院務會議及其他重要會議之主持。
九、其他有關院務之處理。
院長為徵詢本院行政事務意見，得召集庭長、軍事審判官及相關人員開會研商。
庭長襄助院長處理院務，並綜理庭務。
庭長有二人以上，其相互間行政事務之劃分與處理，由院長決定之，並得以一人負責共同性之行政事務。
除前項規定外，庭長權責如下：一、本庭事務之分配及監督。
二、本庭評議簿之保管。
三、本庭關於訴訟進行文件之核轉及代為判行。
四、本庭軍事審判官受理案件所擬裁判書及決定書之審閱。
五、本庭軍事審判官、書記官及其他配屬人員之考核、指導與獎懲之擬議。
六、有關軍法業務改進建議。
七、本院新聞稿發布及其他公共關係聯繫事項。
八、其他經院長交辦事項。
軍事審判官之權責事項如下：一、承辦案件訴訟進行文稿之核轉。
二、參與案件評議時意見之陳述。
三、承辦案件裁判書及決定書之撰擬。
四、辦理法律服務、輔導訴訟、協辦軍法教育業務及兼辦其他行政事務。
五、有關軍法業務改進建議。
六、其他經院長、庭長交辦或指定兼辦事項。
案件之編號、計數、分案、報結，依軍法案件編號計數分案辦結實施要點及事務分配之規定辦理。
軍事審判官分辦之案件，因故不能辦理者，應經庭長報請院長核定後重新分案。
其接辦之軍事審判官仍因故不能辦理者，亦同。
軍事審判官依前項規定將案件移出或移入者，應補分或減分相同數額之訴訟案件。
本院及其分院對於重大刑事案件或其他專業性案件，得指定專庭或由專人辦理。
前項事務之分配，由院長召集庭長、軍事審判官決定之，其中途有變更者，亦同。
裁判之評議，應將各軍事審判官之意見及決議記載於評議簿。
軍事審判官應定期將案件收結情形及積案延宕未結原因列表分呈庭長、院長核閱。
院長因故不能執行職務時，由資深庭長或院長指定之庭長代行其職務，並應陳報國防部。
庭長因事故不能執行職務時，由院長指定另一庭長或資深軍事審判官代理之。
公設辯護人掌理指定辯護案件之辯護，主任公設辯護人監督及分配公設辯護事務。
公設辯護人製作之辯護書，應於言詞辯論終結三日內送院長審閱，並提出於法院。
書記官受軍事審判官之指揮監督，綜理記錄、編案、統計、文書等事務。
主任書記官之權責事項如下：一、襄助院長及庭長處理本院行政事務。
二、各書記官及所屬人員之指揮監督及工作調整擬議。
三、其他經院長交辦事項。
主任書記官因事故不能執行職務時，由院長指定階高資深書記官一人代理。
書記官之權責事項如下：一、人員差勤、值日（夜）、獎懲、考績、退伍（休）、保險、撫卹、福利、風紀維護、權益保障、救濟案件、教育訓練及服務證明書之核發。
二、經費與其他款項出納、保管、財產物品購置保管、核對、辦公處所修建、分配、院區安全維護及消防、衛生。
三、公務機密維護及公職人員財產申報。
四、人民陳訴、聲請、檢舉事件、研究考核、行政法令之研擬、保管及彙編。
五、資訊作業與軍法業務自動化系統之管理及維護。
六、訴訟案件之登記、點收、分配、整理、編訂、贓證物保管、訴訟進行及行政事務之文稿撰擬、筆錄及期日傳喚通知之製作、裁判書及決定書正本、送達、主文之公告、統計分析。
七、文書之繕發、分配、繕印、編檔保存、稽催管制、典守印信、圖書及報刊管理。
八、其他經院長交辦事項。
前項事務，院長得視情形，指定相關行政人員辦理，或指定軍事審判官、公設辯護人兼辦之。
收案書記官收到軍法案卷，應即分別卷宗、證物、書狀及文件，逐一點收，並就職掌應辦事項辦理完竣後，分別送請承辦軍事審判官辦理。
本院及其分院通譯及執法官兵執行職務，受軍事審判官、書記官之指揮監督。
執法官兵之權責事項如下：一、值庭、執行拘提、搜索、扣押及訴訟文書送達。
二、關於值勤、警衛及安全之防護。
三、其他有關執法官兵事務或長官交辦事項。
本院及其分院應定期舉行軍事審判官會議，決定下列事項：一、軍事審判官事務分配。
二、軍事審判官代理次序。
三、合議審判軍事審判官之配置。
前項會議後，遇有人員調整異動而離（退）職或其他事由時，前項各款事項，由院長徵詢有關庭長之意見後決定之。
值日軍事審判官辦理下列事項：一、羈押、搜索、證據保全、借提、拘提或通緝案件。
二、依通訊保障及監察法聲請之案件。
三、應急速處分之勘驗案件。
四、其他依法應即時辦理之事件。
值日軍事審判官對於應即時調查、保全之證據及實施之搜索、扣押、逮捕、裁定等行為，應為必要之處置。
值日軍事審判官及書記官對於第二十七條事項，有應行迴避之情形，仍應依法自行迴避，並報請院長核辦。
本院及其分院處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。