本準則依濕地保育法（以下簡稱本法）第二十七條第三項規定訂定之。
申請開發或利用者應檢附下列文件送主管機關查詢開發或利用區域是否位於重要濕地或本法第十五條第二項所定應納入整體規劃與管理範圍之其他濕地及周邊環境內：一、開發或利用計畫之名稱。
二、基地面積、位置及地籍資料。
其位於水域或屬未登記土地者，並應提供座標數位資料。
各級政府依本法第二十條規定徵詢中央主管機關意見時，得視需要提供實地環境調查研判資料，並請申請開發或利用者檢附下列書圖文件，一併送中央主管機關：一、基地面積、位置及地籍資料。
其位於水域或屬未登記土地者，並應提供座標數位資料。
二、開發或利用計畫之目的、性質、規劃構想與圖說、用水來源與排水位置圖及相關簡要內容。
三、土地使用現況、基地所在水系及集水區範圍。
四、開發或利用行為相關計畫書圖文件。
於重要濕地或本法第十五條第二項所定應納入整體規劃及管理範圍之其他濕地及周邊環境內申請開發或利用之行為，非屬重要濕地保育利用計畫濕地系統功能分區限制或禁止行為或允許明智利用項目，且有下列情形之一者，應擬具濕地影響說明書：一、有干擾（騷擾）重要濕地內重要物種及破壞其繁殖地、覓食地、遷徙路徑或其他重要棲息地之虞。
二、有污染、減少或改變重要濕地內之水質、水量或水資源系統之虞。
三、挖掘、取土、填埋、堆置、變更重要濕地地形地貌或減少其水域面積，有影響天然滯洪功能之虞。
四、有危害該重要濕地之明智利用之虞。
五、有破壞或威脅該重要濕地受評定之其他重要價值之虞。
六、其他經中央主管機關公告認有必要之開發或利用行為。
於重要濕地保育利用計畫核定前，申請開發或利用之行為屬前項第六款情形，或屬第一款至第五款情形經中央主管機關重要濕地審議小組審認有破壞、降低重要濕地或生態功能之開發或利用行為者，應擬具濕地影響說明書。
中央主管機關認定開發或利用之行為應依第四條規定擬具濕地影響說明書時，應函復各級政府函轉該申請開發或利用者，並副知目的事業主管機關。
中央主管機關認定該申請開發或利用行為非屬第四條所定情形之一者，應逕予函復各級政府。
濕地影響說明書應記載下列事項：一、申請開發或利用者之姓名及住（居）所；其為法人或團體者，其名稱、營業所或事務所、設立或變更登記證明文件及代表人之姓名。
二、開發或利用行為之名稱、開發或利用場所及相關位置圖。
三、開發或利用行為之目的及其內容。
四、開發或利用行為可能影響之重要濕地及其周邊環境現況。
五、開發或利用行為之迴避措施。
六、開發或利用行為對重要濕地及其含周圍環境之重要濕地保育利用計畫之影響預測。
七、自行評估依本法第二十七條原則採行衝擊減輕措施或替代方案，或實施異地補償措施、生態補償措施之理由、方法及經費。
八、濕地影響費或代金之估算。
九、異地補償用地土地使用同意相關文件。
十、開發或利用前之公開會議紀錄與有關機關、人民或團體意見及處理情形。
十一、其他開發或利用行為相關計畫書圖文件。
申請開發或利用者就開發或利用行為對重要濕地之影響，依本法第二十七條第一項所定審查原則，依序自行評估採行或實施前項第七款所定措施，並據以估算前項第八款濕地影響費或代金。
前條第一項第六款之影響預測，應就開發或利用行為施工及營運利用期間，評估下列項目：一、對重要濕地內之重要物種及其繁殖地、覓食地、遷徙路徑或其他重要棲息地之影響。
二、對重要濕地內之水質、水量或水資源之地面水或地下水系統等之影響。
三、對重要濕地內之土壤、地形地貌或天然滯洪功能之影響。
四、對重要濕地內之允許明智利用之影響。
五、對重要濕地內受評定之其他重要價值之影響。
前項影響所引用之環境因子預測推估模式，應敘明引用模式之適用條件、設定或假設之重要參數與應用於開發或利用行為之精確性及適當性。
第六條第一項第二款至第七款所定相關位置圖、環境現況、迴避措施、影響預測與範圍及第七款自行評估措施或替代方案等，應於適當比例尺之地圖上標明其分布、數量或以數據量化敘述。
第六條第一項第四款環境現況、第六款影響預測與第七款自行評估措施或替代方案等相關環境現況調查及評估，應依中央相關機關公告之檢測方法或相關法令規定辦理。
第六條第一項第九款之異地補償用地土地使用同意相關文件，於該土地為非自有土地時，應檢附土地使用同意書或公有土地申請開發同意證明文件。
申請開發或利用者自行評估實施第六條第一項第七款所定衝擊減輕措施或替代方案措施者，應說明下列事項：一、實施理由。
二、採行衝擊減輕措施或替代方案。
三、衝擊減輕效益。
自行評估實施第六條第一項第七款異地補償或生態補償措施，應說明下列事項：一、實施理由。
二、可能受影響重要濕地之生態系特色、生態基準、保育類野生動物與重要物種族群、個體生態及棲地需求等。
三、異地補償或生態補償實施內容，應包括下列事項：（一）補償區位及其周邊地區環境現況說明。
（二）補償目標。
（三）補償區位選址說明、異地補償面積比率計算、異地補償或生態補償功能基準計算。
（四）異地補償或生態補償實施方法及進度規劃。
（五）補償地點規劃設計，如水文、底土、地面高程之設計與建造及植被設計等。
（六）補償濕地之經營管理計畫。
（七）補償成果監測計畫。
（八）所需經費。
前項第二款所定生態基準，應包括下列事項：一、生物多樣性基準。
二、初級生產力基準。
三、重要物種族群數量及結構。
第一項第二款保育類野生動物與重要物種族群及個體生態之評估說明，應包括下列事項：一、生活史。
二、族群量及趨勢。
三、棲地特性與現有及潛在生存威脅因子。
四、食性。
五、習性及特殊行為。
六、活動範圍。
濕地影響說明書之製作規定如下：一、用紙應符合A4規格（長二十九點七公分、寬二十一公分），以直式橫書格式書寫，文字、圖、表及頁碼之字體及內容並應清晰可讀。
二、除圖表外應採雙面印製。
三、地圖、照片及參考文獻應註明出處。
申請開發或利用者提出前項所定書件申請時，應檢附電腦檔案；依審查結論提送定稿本時，亦同。
申請開發或利用者申請審查許可前，應完成第六條第一項第一款至第八款事項之說明書初稿及舉行公開會議，並於主管機關指定網頁刊登下列事項，公開三十日供民眾表達意見：一、開發或利用行為之名稱。
二、開發或利用行為之場所及內容。
三、涉及之重要濕地。
四、說明書初稿。
五、公開會議時間及地點。
申請開發或利用者除為前項之資訊公開外，並應將公開內容，以書面告知主管機關、目的事業主管機關、開發行為所在地之直轄市政府、縣（市）政府、直轄市議會、縣（市）議會、鄉（鎮、市、區）公所、鄉（鎮、市）代表會、鄉（鎮、市、區）之村（里）長辦公室及依本法第二十條規定徵詢意見之各級政府。
第一項公開會議，應於開發或利用行為所在地之適當地點為之；直轄市、縣（市）主管機關未設置專屬網頁者，得以中央主管機關設置之網頁為其指定網頁。
公開會議紀錄應載明到場人所為陳述或發言要旨及其提出之文書、證據。
會議紀錄，得以錄音、錄影輔助之。
第六條第一項第十款有關機關、人民或團體意見之處理情形，應說明採納及不採納之理由。
有關機關、任何人民或團體得於公開會議時表達意見，並得於公開會議後三十日內，以書面載明姓名或名稱、地址及具體意見，向申請開發或利用者提出，並副知主管機關。