第3條本署署長綜理署務，副署長襄理署務，並設下列各組、室、水利防災中心、河川勘測隊（其組織架構圖如附件）：一、綜合企劃組。二、水文技術組。三、水源經營組。四、河川海岸組。五、保育事業組。六、工程事務組。七、水利行政組。八、土地管理組。九、資訊室。十、秘書室。十一、人事室。十二、會計室。十三、政風室。十四、水利防災中心。十五、河川勘測隊。