衛生福利部為辦理中醫藥之研究，特設國家中醫藥研究所（以下簡稱本所）。
本所掌理下列事項：一、中醫理論及診斷基準之研究。
二、中醫醫療技術之療效評估。
三、中藥材基源鑑定、種源保存及培育之研究。
四、中藥藥理成分之分離、純化、鑑定及其他藥物化學有關之研究。
五、中藥藥理、毒理與相關安全性之研究及療效評估。
六、中藥及其製劑品質基準之研究。
七、中醫藥典籍之收集、保存、研究及發展應用。
八、中醫藥研究與專業人員之培訓及國際合作。
九、其他有關中醫藥研究事項。
本所置所長一人，職務列簡任第十二職等，必要時得比照專科以上學校校長之資格聘任；副所長一人，由研究員兼任。
本所研究員、副研究員、助理研究員及研究助理比照教育人員任用條例相關規定聘任之；其退休、撫卹比照教師相關規定辦理，並報衛生福利部核定。