本辦法依植物防疫檢疫法(以下簡稱本法)第九條第一項規定訂定之。
繁殖用植物特定疫病蟲害之檢查由直轄市、縣(市)主管機關為之。
前項檢查得會同或委託中央主管機關認證之機關(構)或學校(以下簡稱檢查機構)辦理。
中央主管機關依本法第九條第一項指定之繁殖用植物，應公告其應施檢查之特定疫病蟲害種類、申請條件、繁殖圃設置條件與操作管理規定、檢查程序與方法、證明之核發標準與有效期限、收費標準及其他應遵行事項。
申請繁殖用植物之特定疫病蟲害檢查，應填具申請書，並檢附下列文件、資料，向當地直轄市、縣(市)主管機關申請：一、繁殖計畫：包括植物種類、數量、地點、時間、繁殖方法。
二、種苗來源書面資料：如屬輸入之種苗，應檢附輸出國之疫情資料；其資料為外文者，應附中文譯本。
前項申請，直轄市、縣(市)主管機關得視植物種類需要，指定提供其他相關資料。
直轄市、縣(市)主管機關應於受理前條申請日起五個工作日內與申請人聯絡檢查相關事宜，並通知檢查機構。
依第二條第二項接受委託之檢查機構，應於接獲直轄市、縣(市)主管機關通知後五個工作日內與申請人聯絡檢查相關事宜，並通知委託機關。
執行特定疫病蟲害檢查，應以申請之先後為序，並收取檢查費及檢定費。
檢查費應於申請時繳納，檢定費應於通知繳費後二週內繳納。
前項通知得以傳真、電子文件或郵遞等方式為之。
檢查費依申請案或繁殖圃核計，每件收取新臺幣一千元。
檢定費之收費標準，依該植物應實施檢定之方法及樣品數規定如下：一、一般檢定：每件樣品收取新臺幣十元。
二、生化檢定：每件樣品收取新臺幣三十元。
三、特殊檢定：每件樣品收取新臺幣三百元。
前項所稱一般檢定，指以病徵診斷或光學顯微鏡技術等方法檢定者；所稱生化檢定，指以人工培養、接種、抗血清或化學等方法檢定者；所稱特殊檢定，指以分子生物分析(核酸探針、引子、電泳等)或電子顯微鏡技術等方法檢定者。
執行檢查工作應製作檢查報告。
直轄市、縣(市)主管機關依據檢查報告核發合格證明或不合格通知。
依本辦法規定檢查合格之植物，申請者應於讓售時製作讓售紀錄表，並於一個月內送交直轄市、縣(市)主管機關。
直轄市、縣(市)主管機關執行檢查時，發現受檢植物感染特定疫病蟲害，應將疫情通報中央主管機關，並依本法有關規定處理。