本辦法依植物品種及種苗法(以下簡稱本法)第五十二條第一項規定訂定。
基因轉殖植物依輸出入申報使用目的區分為二類：一、供作繁殖或栽培者。
二、供作實驗室試驗或研發者。
輸入前條第一款之基因轉殖植物，輸入人應填具申請書並載明下列事項，向中央主管機關提出申請：一、輸入人姓名、聯絡地址及電話。
二、生產國別、起運口岸及輸出國家。
三、基因轉殖植物之名稱及數量。
四、輸入目的及用途。
前項申請，輸入人並應檢附下列文件及資料，經審查核准取得輸入許可後，始得辦理輸入：一、依本法第五十二條第二項規定取得之同意文件。
二、受體植物之來源、一般植物學特性及繁殖與授粉方式資料。
三、轉殖基因之來源、特性、功能機制資料。
四、包裝之性質及標示之內容資料。
五、國內外之運輸路線、方式及運輸過程之安全防護措施資料。
輸入第二條第二款之基因轉殖植物，輸入人應填具申請書並載明下列事項，向中央主管機關提出申請：一、輸入人姓名、聯絡地址及電話。
二、生產國別、起運口岸及輸出國家。
三、基因轉殖植物之名稱及數量。
四、輸入目的及用途。
前項申請，輸入人並應檢附下列文件及資料，經審查核准取得輸入許可後，始得辦理輸入：一、受體植物之來源、一般植物學特性及繁殖與授粉方式等資料。
二、轉殖基因之來源、特性、功能機制資料。
三、試驗或研發場所之位址及適當比例之平面圖。
四、試驗或研發場所設施、設備之配置圖。
五、試驗或研發人員配置計畫。
六、生物安全委員會組織及委員名單。
七、輸入後安全管制計畫。
八、包裝之性質及標示之內容資料。
九、國內外之運輸路線、方式及運輸過程之安全防護措施資料。
前項第六款之生物安全委員會置委員四人至八人，應涵括生物技術、作物育種、生物多樣性、植物保護或相關領域之專家。
輸出基因轉殖植物時，輸出人應填具申請書並載明下列事項，向中央主管機關提出申請：一、輸出人姓名、聯絡地址及電話。
二、基因轉殖植物之名稱及數量。
三、輸出目的及用途。
前項申請，輸出人並應檢附下列文件及資料，經審查核准取得輸出許可後，始得辦理輸出：一、受體植物之來源、一般植物學特性及繁殖與授粉方式等資料。
二、轉殖基因之來源、特性、功能機制資料。
三、包裝之性質及標示之內容資料。
四、國內外之運輸路線、方式及運輸過程之安全防護措施資料。
五、輸入國核准輸入所需之文件及資料。
中央主管機關為確認基因轉殖植物特性，得於該產品輸入時，無償取樣檢測，輸入人不得拒絕。
中央主管機關對基因轉殖植物之輸出入人請求予以保密之生產方法中重要部分，應予保密。
中央主管機關受理輸出入基因轉殖植物之申請，應於下列期限作出准駁決定：一、依書面文件進行審查者，應自受理日起六十日內為准駁之決定，期滿未能決定，得延長之，但以一次為限。
二、依書面文件進行審查外，並須取樣檢測確認者，應自受理日起二百七十日內為准駁之決定。
本辦法所定書、表、證明文件格式，由中央主管機關公告之。