本辦法依農田水利會組織通則（以下簡稱本通則）第三十五條第一項規定訂定之。
農田水利會依本通則第八條規定備具之組織章程，應載明下列事項：一、名稱。
二、宗旨。
三、區域。
四、任務。
五、會員。
六、會務委員會。
七、執行機構。
八、水利小組。
九、權責區分。
十、經費。
十一、營運。
十二、糾紛處理。
十三、附則。
前項組織章程之訂定或修正，應報主管機關核定。
主管機關對農田水利會之業務，除平時之監督輔導外，應於每年年度終了後，辦理工務、管理、財務、總務、主計、人事、資訊及輔導等各項業務年度檢查；並得視業務需要，辦理不定期檢查。
前項檢查，得邀請有關機關參加。
檢查結果，優良者，得予獎勵；有缺失者，予以糾正、限期改善，並得依本通則第三十六條規定辦理。
主管機關對農田水利會得採取下列輔導措施：一、輔導建立健全各項制度。
二、輔導辦理章程所定業務。
三、輔導辦理相關專業研習。
四、輔導研究發展及技術交流事項。
五、輔導多角化經營事項。
六、其他輔導事項。
農田水利會應於年度決算後，製作該決算年度之會務、管理、工務、財務、主計、人事、資訊、基金、員工福利等九項業務報表，於每年四月十日前提送農田水利會聯合會，核對無誤後，編印農田水利會資料輯。
農田水利會應訂定辦事細則及分層負責表，報請主管機關備查。
農田水利會因應社會公益需求，得捐贈會有財產，其捐贈對象，以下列各款為限：一、各農田水利會。
二、原捐助成立之財團法人。
三、其他報經主管機關專案核定之個人、公益法人團體或機關。
前項捐贈會有財產為現金、動產及不動產。
現金以當年度收支決算有剩餘且非財產處分之自籌款為限；動產及不動產以閒置且無需繼續使用者為限。
農田水利會捐贈會有財產應依本通則第十八條第一項及第二項規定辦理。
農田水利會應與受贈人簽訂捐贈契約，約定捐贈財產用途。
但情形特殊並專案報經主管機關核定者，不在此限。
受贈人未依約定用途使用者，農田水利會得撤銷捐贈契約，收回捐贈之會有財產。