本辦法依有機農業促進法（以下簡稱本法）第二十六條第二項規定訂定之。
檢舉違反本法規定案件經主管機關查證屬實並經處分或裁處罰鍰確定者，依本辦法給予獎勵。
前項所定獎勵方式，包括發給獎牌、獎品、獎勵狀或獎金；發給獎金之檢舉案件，限於依本法第二十七條至第二十九條規定裁處罰鍰確定者。
主管機關應設置違反本法案件檢舉信箱、專線電話、傳真電話或機關網址，受理檢舉事宜。
檢舉人檢舉違反本法規定案件，得以書面、口頭、電話、傳真、電子郵件或其他方式提供下列事項向主管機關檢舉：一、檢舉人姓名及聯絡方式。
二、被檢舉人之姓名、名稱及地址。
三、涉嫌違規之具體事項、違規地點及相關資料。
以言詞檢舉者，應由受理檢舉主管機關作成紀錄。
依第二條第二項規定發給獎金之案件，主管機關得以不低於應繳納罰鍰百分之二十之額度，核發獎金予檢舉人。
主管機關發給獎金時，應請檢舉人提供足資證明身分之相關文件。
同一案件，二人以上聯名共同檢舉者，其獎金由全體檢舉人平均分配之。
同一案件，有二人以上分別檢舉者，其獎金應發給最先檢舉者；如無法分別先後時，平均發給之。
檢舉案件有下列情形之一者，不適用本辦法之獎勵規定：一、檢舉人匿名或以不真實姓名檢舉。
二、檢舉案件查無具體事證或與檢舉事證不符。
三、檢舉案件在被檢舉前業經主管機關或驗證機構發現或處理有案。
主管機關對於檢舉人相關資料應嚴予保密，並妥善保管。
主管機關認有必要時，得依職權或檢舉人之申請，洽請警察機關保護檢舉人之安全。
主管機關應依上年度違反本法裁罰案件罰鍰金額，作為編列檢舉獎金年度預算之參考。