為促進投資及國際貿易，加強加工出口區之開發及管理，特依加工出口區設置管理條例第二十二條第一項規定，設置加工出口區作業基金(以下簡稱本基金)，並依同條第二項及預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，隸屬於經濟作業基金項下，編製附屬單位預算之分預算，以經濟部(以下簡稱本部)為主管機關，並以本部加工出口區管理處為管理機關。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、加工出口區開發管理及相關事業之投資收益。
三、加工出口區公共設施建設費收入。
四、土地及廠房租金收入。
五、加工出口區管理費收入。
六、各項作業服務收入。
七、本基金之孳息收入。
八、加工出口區開發貸款利息收入。
九、其他有關收入。
本基金之用途如下：一、加工出口區之開發、擴充、改良、維護及管理。
二、加工出口區開發及相關事業之投資或貸款。
三、加工出口區開發管理相關之研究規劃、設計及宣導經費。
四、各項作業服務支出。
五、行政院專案核准之支出。
六、其他有關支出。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依國庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。
本基金年度決算如有賸餘，得循預算程序撥充基金或以未分配賸餘處理。