本細則依所得基本稅額條例（以下簡稱本條例）第十七條規定訂定之。
依本條例規定繳納所得稅之營利事業或個人，於辦理所得稅結算申報時，應依本條例規定計算基本稅額，並依財政部規定之格式申報及繳納。
前項營利事業或個人未依規定申報所得基本稅額者，稽徵機關應依查得資料，核定其基本所得額及基本稅額。
本條例第三條第一項第七款、第八款、第四條第二項、第六條及第十一條所稱法律規定之投資抵減，指下列法律規定之投資抵減：一、廢止前促進產業升級條例第六條、第七條、第八條及第十五條。
二、獎勵民間參與交通建設條例第二十九條及第三十三條。
三、促進民間參與公共建設法第三十七條及第四十條。
四、企業併購法第四十二條。
五、新市鎮開發條例第十四條及第二十四條。
六、都市更新條例第四十九條。
七、資源回收再利用法第二十三條。
八、發展觀光條例第五十條。
九、電影法第七條。
十、科學工業園區設置管理條例第十八條。
十一、產業創新條例第十條。
十二、生技新藥產業發展條例第五條及第六條。
十三、中小企業發展條例第三十五條。
十四、其他有投資抵減規定之法律。
本條例第三條第一項第七款、第八款所稱未適用法律規定之投資抵減獎勵，指營利事業或個人於當年度所得稅結算或決算申報計算之應納稅額，未減除前條規定之投資抵減。
不包括營利事業以法律規定之投資抵減，抵減依所得稅法第一百零二條之二規定計算之上一年度未分配盈餘加徵之稅額。
本條例第七條第一項所稱依所得稅法規定計算之課稅所得額，指依所得稅法第二十四條或第四十一條規定計算之所得額，減除依所得稅法及其他法律規定停徵、免徵或免納營利事業所得稅之所得額、加成或加倍減除之成本或費用及所得稅法第三十九條規定以往年度營業虧損後之金額。
營利事業計算前項課稅所得額時，除屬依所得稅法及國際金融業務條例規定停徵、免徵或免納營利事業所得稅之所得額，應先行減除外，其屬依其他法律規定免徵或免納營利事業所得稅之所得額、加成或加倍減除之成本或費用及所得稅法第三十九條規定之以往年度營業虧損之減除順序及金額，由營利事業於申報時自行擇定之。
本條例第七條第一項第十款所稱法律新增之減免營利事業所得稅之所得額及不計入所得課稅之所得額，指法律新增停徵、免徵或免納營利事業所得稅之所得額、加成或加倍減除之成本或費用及不計入所得課稅之所得額。
營利事業依本條例第七條規定計算基本所得額之公式如下：基本所得額＝課稅所得額＋（本條例第七條第一項第一款規定之所得額－本條例第七條第二項規定之損失）＋本條例第七條第一項第二款至第八款規定之所得額＋（本條例第七條第一項第九款規定之所得額－本條例第七條第二項規定之損失）＋（本條例第七條第一項第十款規定之所得額－本條例第七條第四項規定之損失）依前項計算公式應加計之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款規定之所得額，以營利事業當年度同條項第一款、第九款或第十款經財政部公告應列為個別加計項目之所得額，分別對應減除當年度第一款、第九款或第十款個別加計項目之損失，減除後之餘額為正者，以該餘額計入；餘額為負者，該負數不予計入，而依本條例第七條第二項及第四項規定辦理。
前項餘額為正者，經分別減除本條例第七條第二項至第四項之以前年度損失後之餘額為負數者，該負數不予計入。
減除以前年度損失時，應按損失發生年度順序，逐年依序分別對應自本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額中減除；當年度無第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額可供減除或減除後尚有未減除餘額者，始得依本條例第七條第二項至第四項規定遞延至以後年度減除。
營利事業計算本條例第七條第一項第一款規定之加計項目時，如有同條第三項規定之股票交易所得，應依下列規定辦理：一、本條例第七條第三項規定之股票交易所得減除同條項規定之當年度股票交易損失後之餘額，與所得稅法第四條之一規定該股票以外之證券交易所得或損失及同法第四條之二規定之期貨交易所得或損失合併計算其餘額。
二、前款合併計算後之餘額為負者，該負數不予計入，而依本條例第七條第二項規定，自以後年度依前款規定計算之正數餘額中減除。
三、第一款合併計算後之餘額為正者，得依本條例第七條第二項規定，減除以前年度之前款負數餘額。
減除後餘額為正數者，該餘額於依本條例第七條第三項規定計算當年度股票交易所得減除當年度股票交易損失後之餘額範圍（餘額為負者，以零計算）內，以半數計入；超過部分，以全數計入，並以其合計數作為本條例第七條第一項第一款規定之加計項目金額。
減除後餘額為負數者，該負數不予計入。
本條例第七條第三項規定持有期間之計算，應採用先進先出法。
第四項規定之計算公式中，課稅所得額以外之加計項目，屬來自中華民國境外之所得者，其已依所得來源國稅法規定繳納之所得稅，納稅義務人得提出所得來源國稅務機關發給之同一年度納稅憑證，並取得所在地中華民國使領館或其他經中華民國政府認許機構之簽證後，自其依本條例第四條第一項規定計算之差額中扣抵。
前項國外所得稅額之扣抵限額，依下列公式計算之：國外所得稅額之扣抵限額＝（第十二條第一項規定之基本稅額－依所得稅法規定計算之應納稅額）×依本條例第七條第一項規定應計入基本所得額之國外免稅所得額÷（依本條例第七條第一項規定應計入基本所得額之國內及國外免稅所得額）
營利事業出售本條例第七條第一項第一款所定之未上市、未上櫃及興櫃公司股票之交易所得，其售價顯較時價為低者，除提出正當理由及證明文據，經查明屬實者外，應按時價核定其售價。
前項所定時價，應參酌該股票同時期相當交易量之成交價格認定之；同時期查無相當交易量之成交價格者，按交易日公司資產淨值核算每股淨值認定之。
前項所定同時期，為該股票交易日之前三十日；所定相當交易量，以該股票交易量百分之五十至百分之一百五十為範圍。
時價資料同時有數筆者，以其平均數認定之。
本條例第七條第一項第一款所定之證券交易所得，其交易成本之估價，應與其依所得稅法第四十四條、第四十八條及同法施行細則第四十六條規定擇採之計算方法一致。
本條例第七條第一項第一款所定之期貨交易所得，其交易成本應採先進先出法計算之。
但到期前指定平倉者，得採個別辨認法。
營利事業於計算本條例第七條第一項第一款所定之證券交易所得時，其營業費用及借款利息，除可合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，其依所得稅法相關規定計算之出售有價證券應分攤之費用及利息，得自有價證券出售收入項下減除。
營利事業依金融控股公司法第四十九條或企業併購法第四十五條規定，選擇以金融控股公司或併購後之母公司為納稅義務人合併申報營利事業所得稅者，其合併申報之基本所得額，為依所得稅法規定計算之合併課稅所得額，加計合併申報各公司依本條例第七條第一項各款規定之所得額後之合計數。
前項各公司選擇以金融控股公司或併購後之母公司為納稅義務人合併申報營利事業所得稅者，其依前項規定加計之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款規定之所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定損失之減除，依下列規定辦理：一、合併申報前，各公司依本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款規定加計之所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定尚未減除之損失，得自發生年度之次年度起五年內，按損失發生年度順序分別對應自各該公司當年度同條項第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額中減除，減除後之第一款、第九款或第十款個別加計項目之餘額為負數者，該負數不予計入。
二、自合併申報年度起，各公司依前項規定加計之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款之各公司合計所得額，於本條例施行後發生並經稽徵機關核定之損失，得自發生年度之次年度起五年內，按損失發生年度順序分別對應自辦理合併申報之金融控股公司或併購後之母公司當年度同條項第一款、第九款或第十款個別加計項目之所得額中減除，減除後之第一款、第九款或第十款個別加計項目之餘額為負數者，該負數不予計入。
三、合併申報後，各公司因股權變動而採個別申報時，該個別申報公司，得將經稽徵機關核定尚未減除之前五年內各期合併之本條例第七條第一項第一款、第九款或第十款個別加計項目之損失，逐年按該公司當期第一款、第九款或第十款個別加計項目損失額占合併申報各公司各該款損失額合計數之比例計算之金額，分別依本條例第七條第二項至第四項規定，自合併損失發生年度起五年內，按損失發生年度順序於個別申報公司之基本所得額中減除。
合併申報之金融控股公司或併購後之母公司得就稽徵機關核定尚未減除之前五年內各期合併第一款、第九款或第十款個別加計項目損失額，減除上開個別申報公司依規定比例計算之金額後之餘額，按損失發生年度順序繼續依規定減除之。
符合本條例規定無須申報基本稅額之營利事業，經稽徵機關核定有本條例第七條第二項、第三項或第四項規定之損失者，得自發生年度之次年度起五年內，按損失發生年度順序於辦理基本稅額申報時，依規定減除之。
營利事業依本條例第八條規定計算基本稅額之公式如下：基本稅額＝（基本所得額－新臺幣五十萬元）×徵收率營利事業依本條例第四條第一項規定計算之差額得減除第五條第九項及第十項規定之國外所得稅額、尚未抵繳之暫繳稅額及尚未抵繳之扣繳稅額，計算其應繳納之所得稅，於申報前自行繳納。
營利事業依金融控股公司法第四十九條或企業併購法第四十五條規定，選擇合併申報營利事業所得稅者，其依本條例第四條第一項規定自行繳納基本稅額與一般所得稅額之差額及經稽徵機關調查核定增加之繳納稅額，應由辦理合併申報之金融控股公司或併購後之母公司依本條例第九條規定辦理。
個人依本條例第十二條及第十三條規定計算基本所得額及基本稅額之公式如下：基本所得額＝綜合所得淨額＋依所得稅法第十五條第五項規定選擇分開計算應納稅額之股利及盈餘合計金額＋（本條例第十二條第一項第一款、第二款及第四款規定之金額）＋（本條例第十二條第一項第三款規定之金額－本條例第十二條第二項規定之損失）＋（本條例第十二條第一項第六款規定之金額－本條例第十二條第四項規定之損失）基本稅額＝（基本所得額－新臺幣六百萬元）×20％依前項計算公式應加計之本條例第十二條第一項第三款及第六款之金額，經分別減除本條例第十二條第二項及第四項之損失後之餘額為負數者，該負數不予計入。
個人依本條例第四條第一項規定計算之差額得減除尚未抵繳之扣繳稅額及可抵減稅額，計算其應自行繳納之稅額，於申報前自行繳納。
但依法不併計綜合所得總額課稅之所得之扣繳稅額，不得減除。
本條例第十一條所稱個人之一般所得稅額，應加計個人依所得稅法第十五條第五項規定選擇就股利及盈餘合計金額分開計算之應納稅額。
本條例第十二條第一項第一款規定之所得，一申報戶全年合計數未達新臺幣一百萬元者，免予計入；在新臺幣一百萬元以上者，應全數計入。
本條例第十三條第一項但書規定之稅額扣抵限額，其計算公式如下：稅額扣抵限額＝（依本條例第十三條第一項本文規定計算之基本稅額－依所得稅法規定計算之應納稅額）×本條例第十二條第一項第一款規定之所得÷本條例第十二條第一項各款規定金額之合計數。
本條例第十二條第一項第二款所稱人壽保險及年金保險，指保險期間始日在中華民國九十五年一月一日以後之人壽保險及年金保險契約。
本條例第十二條第一項第二款規定之保險給付，其屬死亡給付且一申報戶全年合計數在新臺幣三千萬元以下者，免予計入；超過新臺幣三千萬元者，扣除新臺幣三千萬元後之餘額應全數計入。
營利事業或個人應申報基本所得額，而有漏報或短報基本所得額，致短漏稅額者，應依下列公式計算漏稅額：一、稽徵機關依本條例規定核定之一般所得稅額高於或等於基本稅額者，應依所得稅法第一百十條規定辦理，不適用本條例第十五條規定。
二、稽徵機關依本條例規定核定之一般所得稅額低於基本稅額者，其漏稅額之計算公式如下：（一）營利事業：1.申報部分核定一般所得稅額小於申報部分核定基本稅額：漏稅額＝全部核定基本稅額－申報部分核定基本稅額－漏報或短報基本所得額之扣繳稅額2.申報部分核定一般所得稅額大於申報部分核定基本稅額：漏稅額＝全部核定基本稅額－申報部分核定一般所得稅額－漏報或短報基本所得額之扣繳稅額3.申報部分核定基本稅額及全部核定基本稅額，其計算公式如下：申報部分核定基本稅額＝（申報部分核定基本所得額－新臺幣五十萬元）×徵收率全部核定基本稅額＝〔（申報部分核定基本所得額＋漏報或短報基本所得額）－新臺幣五十萬元〕×徵收率（二）個人：1.（1）無虛增可抵減稅額情形者：漏稅額＝核定基本稅額－申報部分核定基本稅額－申報部分經核定之退稅款（不分已否退還）－短報或漏報所得額之扣繳稅額及可抵減稅額－短報或漏報基本稅額中屬應稅免罰部分應納稅額（2）有虛增可抵減稅額情形者：漏稅額＝依（1）規定計算之漏稅額＋申報虛增可抵減稅額所漏稅額或溢退稅額－因短漏報所得溢繳或應退稅款2.核定基本稅額、申報部分核定基本稅額及短報或漏報基本稅額中屬應稅免罰部分應納稅額，其計算公式如下：核定基本稅額＝〔（申報部分核定基本所得額＋短報或漏報基本所得額）－新臺幣六百萬元〕×20％申報部分核定基本稅額＝（申報部分核定基本所得額－新臺幣六百萬元）×20％短報或漏報基本稅額中屬應稅免罰部分應納稅額＝（核定基本稅額－申報部分核定基本稅額）×〔短報或漏報基本稅額中屬應稅免罰部分所得額÷（核定基本所得額－申報部分核定基本所得額）〕
營利事業經依企業併購法第四十二條、廢止前促進產業升級條例第十條或第十五條規定辦理合併、分割、收購或轉讓者，其原符合本條例第十六條規定免予計入基本所得額之各項免稅所得，得繼續免予計入營利事業基本所得額。
本條例第十六條第三款及第四款所定未變更投資計畫之產品或服務項目，包括營利事業於本條例施行前已取得中央目的事業主管機關准予變更投資計畫產品或服務項目之核准函，且於本條例施行後未再申請變更者。
本條例第十六條第三款及第四款所定開工，屬新建廠房之案件，依建築法令之規定；其他新投資或增資案件，為首批設備運抵營業處所或生產場所。
營利事業之會計年度，依所得稅法第二十三條規定，非自每年一月一日起算者，自九十五會計年度起，適用本條例之規定。
本細則自中華民國九十五年一月一日施行。
但第十八條規定自九十六年一月一日施行；第十四條第一項、第二項有關應加計本條例第十二條第一項第一款規定金額部分及第十五條規定，自本條例第十二條第一項第一款規定施行之日施行。
本細則修正條文自發布日施行。
但中華民國一百零一年十一月二日修正發布之第五條、第十二條及第十八條規定，自一百零二年度施行；一百零七年六月十三日修正發布之第十二條、第十四條及第十八條規定，自一百零七年一月一日施行。