本辦法依獎勵民間參與交通建設條例（以下簡稱本條例）第二十九條第三項規定訂定之。
本辦法用詞，定義如下：一、抵減當年度應納營利事業所得稅額：指扣抵依稅捐稽徵機關核定當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額及核定上一年度未分配盈餘按規定稅率計得之應加徵稅額。
二、設備或技術：指興建、營運設備或技術、防治污染設備或技術。
三、興建、營運設備：（一）興建設備：指直接用於建造交通建設所需之機器設備。
（二）營運設備：指交通建設提供勞務所需之機器設備、新建主體建物及必要之土木設施。
四、興建、營運技術：指符合下列情形之一者：（一）配合前款興建、營運設備所需之專利權或專門技術。
（二）電腦輔助設計或管理所需之專門技術或套裝軟體。
五、防治污染設備：指為處理、檢驗或監測分類、配送或營運過程所產生或回收之污染源或廢棄物，使符合環境保護法令規定之設備，包括空氣污染防制、噪音及振動管制、水污染防治、土壤及地下水污染防治、廢棄物清理或回收、環境檢驗及環境監測設備及必要之土木設施。
六、防治污染技術：指專用於配合前款設備之專利權或專門技術。
七、當年度：指設備、技術交貨之年度或研究與發展及人才培訓支出之年度。
八、購置：指民間機構參與交通建設向他人購買取得、自行製造或委由他人製造、自行興建或委由他人興建；向他人購買取得，包括分期付款及融資租賃，其中融資租賃之承租人為二人以上者，以各承租人所取得之使用權或所有權與其所支付之價款比例相等者為限。
九、購置成本：（一）向他人購買取得者，指取得設備或技術之價款、運費及保險費，不包括為取得該設備或技術所支付之其他費用。
（二）自行製造者，指生產該設備或技術所發生之實際成本。
（三）委由他人製造者，指委由他人生產該設備或技術實際支付之價款、運費、保險費及自行負擔之部分生產成本，不包括為取得該設備或技術所支付之其他費用。
（四）自行興建者，指興建新建主體建物及必要土木設施所發生之實際成本，包括自設計製造、建築至適於營業上使用而支付之一切必要工料及費用。
（五）委由他人興建者，指實際建造成本，包括建造價款及委建人之資本化利息。
民間機構參與交通建設購置自行使用之興建、營運設備或技術，在同一課稅年度內購置總金額達新臺幣六十萬元者，屬設備部分得就購置成本按百分之七；屬技術部分得就購置成本按百分之五，抵減其當年度應納營利事業所得稅額；當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。
適用前項之興建、營運設備，以全新者為限。
其購置總金額，以稅捐稽徵機關核定數為準，不包括政府補助及投資款。
適用第一項之興建、營運設備或技術，以於主管機關核定民間機構所提興建或營運計畫之日至營運開始前購置者為限。
但交通建設投資契約約定應於營運開始後購置者，不在此限。
民間機構參與交通建設購置自行使用之防治污染設備或技術，在同一課稅年度內購置總金額達新臺幣六十萬元者，屬設備部分得就購置成本按百分之七；屬技術部分得就購置成本按百分之五，抵減其當年度應納營利事業所得稅額；當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。
適用前項之防治污染設備，以全新者為限。
其購置總金額，以稅捐稽徵機關核定數為準，不包括政府補助及投資款。
適用第一項之防治污染設備或技術，以於主管機關核定民間機構所提興建或營運計畫之日至營運開始前購置者為限。
但交通建設投資契約約定應於營運開始後購置者，不在此限。
依本辦法規定適用投資抵減之民間機構，其購置自行使用之設備或技術，應依下列期限及程序辦理：一、於主管機關核定民間機構所提興建或營運計畫之日起五年內交貨；其因情形特殊，未能於規定期間內交貨，於期限屆滿前敘明事由，向主管機關申請延期交貨，其經主管機關查明屬情形特殊者，得敘明理由轉請交通部確認後，核轉財政部專案核准延長之。
二、於交貨之次日起六個月內，向交通部申請核發投資抵減證明文件。
自行使用之興建、營運設備及防治污染設備申請投資抵減證明時，應註明預定安裝完成或使用日期。
三、於辦理抵減年度營利事業所得稅結算申報時，憑前款證明文件及購置成本之原始憑證影本，其為新建主體建物及必要土木設施者，應檢附工程成本明細表，送請所在地之稅捐稽徵機關核定其可抵減稅額。
前項第一款之交貨時間，依下列規定認定之：一、購置國外產製之設備：以運抵我國輸入口岸之日期為準。
但經由代理商、經銷商、貿易商或租賃公司購置國外產製之設備者，以運抵民間機構營業處所之日期為準。
二、購置國內產製之設備：以運抵民間機構營業處所之日期為準。
但防治污染設備附有土木、水電工程部分，得以土木、水電工程完成日期為準。
三、設備採整項向主管機關申請核發整項認定證明文件者，以最後一批設備交貨日期為準。
其以同一訂購證明文件整批訂購者，亦同。
四、購置國內、外技術者，以價款交付日期為準；採分期付款者，以第一次交付價款日期為準；其所購置技術屬系統整體設備不可分之一部分者，得依前款規定認定之。
五、購置新建主體建物及必要土木設施：（一）向他人購買者，以完成所有權登記日期為準；其無須辦理所有權登記者，以交由民間機構受領日期為準。
（二）自行興建者，以建設主管機關核發使用執照日期為準；無須核發使用執照者，以主管機關核發之建築相關證明文件載明之完工日期為準。
（三）委由他人興建者，以營建工程實際完成交由民間機構受領日期為準；受領日期無從查考時，以建設主管機關核發使用執照日期為準；無須核發使用執照者，以主管機關核發之建築相關證明文件載明之完工日期為準。
前項第三款所定整項及第四款所定購置技術屬系統整體設備不可分之一部分，應符合下列規定，且申請核發整項認定證明文件者，應於第一批設備或技術交貨日之次日起六個月內或本辦法中華民國一百零八年四月十日修正生效日之次日起六個月內，向主管機關申請專案核定，經核定後，不得再行變更：一、在同一交通建設上須相互關聯、共同協力以完成勞務之提供者。
二、各設備或技術須互相配合方能發揮功能，無法單獨達成原定作用者。
民間機構參與交通建設有分期程興建或營運之必要者，如各期程不含土地之實際投資額均達新臺幣五億元者，主管機關得核定該交通建設計畫分期程興建或營運，並按各期程分別認定適用本辦法投資抵減相關規定；不同期程間之期間重疊者，按所購置興建、營運設備或技術之目的認定之。
主管機關核定興建或營運計畫後，應將確定之核定日期通知財政部；核定日期如有變更時，亦同。
其核發第一項第二款投資抵減證明文件、第二項第三款或第四款整項認定證明文件時，應副知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。
民間機構參與交通建設投資於研究與發展之支出，在同一課稅年度內支出總金額達新臺幣三百萬元或達營業收入淨額百分之二者，得按百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額；支出總金額達新臺幣三百萬元且超過該年度營業收入淨額百分之三，其超過部分得按百分之二十抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。
前項所定研究與發展之支出，包括參與交通建設之民間機構為研究或改進興建、營運技術所支出之下列費用：一、研究發展單位專門從事研究發展工作之全職人員之薪資。
二、興建、營運單位研究或改進興建、營運技術之費用。
三、具有完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，供研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之費用。
四、專供研究發展單位研究用全新儀器設備之購置成本。
五、專供研究發展單位用建築物之折舊費用或租金。
六、專為研究發展購買或使用之專利權、專門技術及著作權之當年度攤折或支付費用。
但按營運量支付一定比例之價款或定期支付一定金額之價款，不包括在內。
七、委託國內大專校院或研究機構研究或聘請國內大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
八、經交通部及財政部專案認定之委託國外大專校院或研究機構研究或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
九、其他經交通部及財政部專案認定屬研究與發展之支出。
前項第七款所定研究機構，包括政府之研究機關（構）、中央衛生主管機關評鑑合格之教學醫院、經政府核准登記有案以研究為主要目的之財團法人、社團法人及其所屬研究機構。
民間機構參與交通建設投資於人才培訓之支出，在同一課稅年度內支出總金額達新臺幣六十萬元者，得按百分之十五抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。
前項所稱人才培訓之支出，指民間機構為參與交通建設培育受僱員工，辦理或指派參加與民間機構業務相關之訓練活動之下列費用：一、師資之鐘點費及旅費。
二、受訓員工之旅費及繳交訓練單位之費用。
三、教材費、實習材料費、文具用品費、醫藥費、保險費、教學觀摩費、書籍雜誌費、訓練期間伙食費、場地費及耐用年數不及二年之訓練器材設備費。
四、參加技能檢定之費用。
五、經勞動部許可附設職業訓練機構之建築物折舊費用、租金及專責辦理教育訓練人員之薪資。
六、其他經交通部及財政部專案認定屬人才培訓之支出。
前項第五款之折舊費用、租金及薪資，如有接受他人委託代訓情事，應按實際代訓人天數占全部受訓人天數比率扣除之，不得適用投資抵減之規定；其折舊費用及租金，另按實際培訓人才所使用之面積占訓練機構總面積之比率及實際使用天數比率計算之。
第二項所定辦理，包括自行辦理、委託辦理或與其他機構、團體聯合辦理，且共同指派所屬員工或會員參與訓練。
民間機構申請適用第六條第二項第八款、第九款及前條第二項第六款規定之支出，應於費用發生當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內或本辦法中華民國一百零八年四月十日修正生效日之次日起一個月內，向交通部及財政部提出專案認定申請，經核准者，自費用發生年度起適用；逾期向交通部及財政部提出專案認定申請，經核准者，自申請年度起所發生之費用適用。
民間機構適用投資抵減稅額之研究與發展及人才培訓之支出，應以稅捐稽徵機關核定數為準。
民間機構依本辦法規定投資於研究與發展及人才培訓之支出，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並依下列規定檢附有關證明文件，送請民間機構所在地之稅捐稽徵機關核定其數額。
稅捐稽徵機關於核定其抵減稅額時，如對民間機構申報之支出內容或相關事項有疑義，可洽主管機關協助認定：一、研究與發展支出：（一）民間機構之組織系統圖及研究人員名冊。
（二）研究發展單位研究用消耗性器材、原材料及樣品之完整進、領料紀錄。
（三）當年度購置專供研究與發展用儀器設備之清單。
（四）研究發展單位配置圖及其使用面積占建築物總面積之比率說明書。
（五）購買或使用專利權、專門技術、著作權之契約或證明文件及其攤折或支付費用計算表。
（六）研究計畫及紀錄或報告。
（七）其他有關證明文件。
二、人才培訓支出：（一）人材培訓計畫。
（二）培訓人才名冊及執行情形。
（三）員工出國進修規定。
（四）其他有關證明文件。
前項申報表格之格式，由財政部定之。
依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之設備或技術及專供研究發展單位研究用儀器設備，有下列情形之一者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之營利事業所得稅款，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
但公司依企業併購法規定辦理合併、分割或收購並符合同法第四十二條規定者，其移轉該等設備、技術或儀器設備，不適用之：一、設備或技術預定安裝完成或使用日期截止前仍未安裝完成或使用，且未於該截止日期前，提出正當理由向交通部申請展延，並經核轉稅捐稽徵機關。
二、設備或技術於交貨之次日起三年內轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回或變更原使用目的。
三、專供研究發展單位研究用儀器設備，於購置之次日起三年內轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回或非專供研究發展單位使用。
前項第二款及第三款之報廢，係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，不受前項規定之限制。
第一項第二款及第三款之設備、技術或儀器設備，係因不可抗力災害而報廢者，應自災害發生之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依規定報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍予核實認定。
民間機構有本條例第四十三條規定情事，經主管機關廢止興建或營運許可者，應依下列規定辦理：一、廢止興建或營運許可之原因不可歸責於民間機構者，其尚未適用之投資抵減，不得繼續適用。
二、廢止興建或營運許可之原因可歸責於民間機構者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之營利事業所得稅額，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
主管機關依前項規定廢止興建或營運許可時，應即敘明事由及認定依據，並檢附自與該民間機構簽約之日起交通部所核發之投資抵減證明文件影本，通知該民間機構所在地之稅捐稽徵機關。
依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之設備或技術、研究與發展及人才培訓支出，經稅捐稽徵機關發現有虛報不實情事者，依所得稅法及稅捐稽徵法有關逃漏稅之規定處理。
民間機構購置之興建、營運設備或技術、防治污染設備或技術及投資於研究與發展、人才培訓之支出，已依其他法令規定享受投資抵減者，不得再適用本辦法。
民間機構申請依本條例第二十九條規定抵減營利事業所得稅，其抵減率適用交貨時之規定；本辦法中華民國九十五年十二月二十三日修正生效前，已依本條例第三十八條規定完成興建營運簽約手續或依本條例第六條第三款規定辦理自行規劃之交通建設計畫，經主管機關審核通過者，其抵減率適用簽約或審核通過時之規定，但九十九年七月十四日以後核定之分期程興建或營運計畫，其抵減率適用各期程計畫核定時之規定。
中華民國九十九年七月十四日至本辦法一百零八年四月十日修正生效前經主管機關核定分期程興建或營運計畫，民間機構已向主管機關申請而尚未核發投資抵減證明之案件，適用修正後之第五條第四項規定。
民間機構參與交通建設購置設備或技術，其申請抵減營利事業所得稅，除抵減率依前條規定辦理外，其餘依下列規定辦理：一、申請核發整項認定證明文件者，其申請適用申請時之規定。
二、依第五條第四項規定分期程興建或營運者，適用各期程核定時之規定。
但屬前項規定情形者，得自本辦法中華民國一百零八年四月十日修正生效日之次日起六個月內依第五條第一項各款規定申請延期交貨、核發投資抵減證明文件或更正申報投資抵減。
三、前二款以外情形，適用交貨時之規定。