依本辦法規定申請抵減營利事業所得稅之設備或技術及專供研究發展單位研究用儀器設備，有下列情形之一者，應向稅捐稽徵機關補繳已抵減之營利事業所得稅款，並自抵減年度營利事業所得稅結算申報屆滿之次日起至繳納之日止，依郵政儲金一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併繳納。
但公司依企業併購法規定辦理合併、分割或收購並符合同法第四十二條規定者，其移轉該等設備、技術或儀器設備，不適用之：一、設備或技術預定安裝完成或使用日期截止前仍未安裝完成或使用，且未於該截止日期前，提出正當理由向交通部申請展延，並經核轉稅捐稽徵機關。
二、設備或技術於交貨之次日起三年內轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回或變更原使用目的。
三、專供研究發展單位研究用儀器設備，於購置之次日起三年內轉借、出租、轉售、退貨、拍賣、報廢、失竊、經他人依法收回或非專供研究發展單位使用。
前項第二款及第三款之報廢，係因地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災及戰禍等不可抗力之災害所致者，不受前項規定之限制。
第一項第二款及第三款之設備、技術或儀器設備，係因不可抗力災害而報廢者，應自災害發生之次日起三十日內，檢具損失清單及證明文件，報請稅捐稽徵機關派員勘查；其未依規定報請稅捐稽徵機關派員勘查，而能提出確實證據證明其損失屬實者，仍予核實認定。
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