國防部軍事監獄為處理內部單位之分工職掌，特訂定本細則。
監獄長綜理全監事務，並指揮、監督所屬人員；副監獄長襄助監獄長綜理全監事務。
軍事監獄設下列科︰一、總務科。
二、戒護科。
三、作業調查科。
四、教化科。
總務科掌理事項如下：一、文件之收發、印信典守及檔案管理。
二、預算編列、經費出納及建築修繕。
三、收容人身分簿之編製、管理及入監、出監管制。
四、攜帶物品之受付及保管。
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五、赦免、減刑、假釋之陳報。
六、糧食、經理被服之收支、保管、核算及造報。
七、與保安處分場所之聯繫。
八、收容人死亡之善後處理。
九、人事軍務、後勤、通訊、資訊維運各項業務。
十、其他有關總務事項。
戒護科掌理事項如下：一、收容人之戒護及監獄之戒備。
二、戒護人員之訓練及勤務分配。
三、武器、戒具、消防器、通訊器材及監察系統之使用、練習及保管。
四、收容人飲食、衣著、臥具、用品之分給、保管及衛生清潔事務之執行。
五、收容人行為狀況之考察及身體、物品之搜檢。
六、接見、發受書信及送入物品之處理。
七、監舍、工場之查察及管理事項。
八、收容人賞罰之執行九、收容人解送及脫逃者追捕。
十、其他有關戒護事項。
作業調查科掌理事項如下：一、收容人入監指導及直接、間接調查。
二、收容人身心狀況之測驗。
三、收容人之指紋、照相分類及其保管。
四、收容人處遇之研擬、複查及建議。
五、作業之指導及受刑技能訓練。
六、作業種類之選擇及作業計畫、作業契約之擬訂。
七、作業材料之購置、收支及保管事項。
八、作業課程編訂、成績考核及勞作金計算。
九、收容人作業之配置、調動及管理作業人員之調度、考核。
十、其他有關作業調查事項。
教化科掌理事項如下：一、收容人教誨、教育及輔導工作。
二、收容人文康活動之規劃及執行。
三、洽請有關機關、團體或人士協助推展教育、演講及宗教宣導。
四、新聞書刊雜誌之管理。
五、妨害性自主罪輔導治療工作。
六、收容人出監後之聯繫及有關更生保護業務。
七、其他有關教化事項。
醫務所承監獄長之命令，兼辦事項如下：一、衛生計畫之擬訂及執行。
二、收容人之健康檢查、疾病醫治及藥隱治療。
三、收容人自購藥品材料之管理及申購審查。
四、收容人戒護醫治、住院之協調聯繫及保外醫治之管制、訪查。
五、收容人傳染病、藥物濫用之篩檢、防治及輔導。
六、其他有關衛生保健事項。
軍事監獄處理業務，實施分層負責制度，依分層負責明細表逐級授權決定。