海軍軍官學校（以下簡稱本校）隸屬國防部，得委任國防部海軍司令部（以下簡稱司令部）辦理，並依相關教育法令之規定，兼受教育部指導。
本校設下列各處、室、中心、所，分別掌理下列事項：一、教務處：掌理招生、註冊、課務、教材、學籍及其他教務等事項。
二、學員生事務處：掌理心理輔導、生活輔導、課外活動指導、愛國教育、輔導服務、保防安全、民事工作等事項。
三、總務處：掌理文書、人事、後勤、工程營建、史政及其他總務事項。
四、資訊圖書中心：掌理教學研究資料之蒐集及資訊服務之提供等事項。
五、主計室：掌理歲計、會計及統計事項。
六、總教官室：掌理軍事訓練、體能戰技課程規劃及訓練實施。
七、醫務所：掌理衛生保健、軍醫行政、衛生勤務、環境衛生、預防醫學及第八類補給品申補之全般事項。
本校因教學、研究及推廣之需要，得報請國防部核定，調整或設其他必要單位。
本校設一般學科部、通識教育中心、學生總隊部、勤務隊。
本校置校長一人，少將，綜理校務；教育長、政戰主任各一人，均為上校，襄助校長處理校務。
本校一般學科部、通識教育中心及各學系各置主任一人。
前項所定主任採任期制，就具備專任副教授以上資格者遴選，報請司令部核定後，由校長聘兼之；職務之任期、續聘、解聘之程序及其他應遵行事項，依本校相關遴選規定辦理，並呈報司令部核定。
本校置教師，分為教授、副教授、助理教授、講師，從事授課、研究及輔導；為教學及研究工作需要，得置助教協助之。
前項人員之調任或聘任，依有關教育、人事法令規定辦理之。
本校得依大學法規定，設各種委員會，所需工作人員，就本規程所定員額內調充之。