銓審司分設五科，各科掌理事項如下：一、第一科掌理行政院、經濟部、交通部、行政院人事行政局及行政院衛生署暨其所屬機關公務人員任免、陞降、遷調、轉調、敘級、敘俸、考績、考成、考核暨其他成績之銓敘審定事項；公務人員陞遷、醫事人員人事法制之研擬事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
二、第二科掌理內政部、國防部、僑務委員會、行政院新聞局、行政院國軍退除役官兵輔導委員會、行政院原子能委員會及行政院國家科學委員會暨其所屬機關公務人員任免、陞降、遷調、轉調、敘級、敘俸、考績、考成、考核暨其他成績之銓敘審定事項；公務人員俸給法制之研擬事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
三、第三科掌理教育部、行政院環境保護署、國立故宮博物院、行政院青年輔導委員會、行政院文化建設委員會、行政院勞工委員會、行政院公平交易委員會、行政院消費者保護委員會、中央選舉委員會、臺灣省政府及福建省政府暨其所屬機關與臺灣省諮議會、金門縣議會、連江縣議會公務人員任免、陞降、遷調、轉調、敘級、敘俸、考績、考成、考核暨其他成績之銓敘審定事項；公務人員褒獎、激勵法制之研擬事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
四、第四科掌理直轄市政府暨其所屬機關與直轄市議會公務人員任免、陞降、遷調、轉調、敘級、敘俸、考績、考成、考核暨其他成績之銓敘審定事項；聘用、派用人員人事法制之研擬事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
五、第五科掌理總統府、國家安全會議、立法院、考試院、監察院、財政部、蒙藏委員會、行政院大陸委員會、行政院經濟建設委員會、行政院研究發展考核委員會、行政院農業委員會、行政院公共工程委員會、行政院原住民族委員會、行政院體育委員會及行政院客家委員會暨其所屬機關公務人員任免、陞降、遷調、轉調、敘級、敘俸、考績、考成、考核暨其他成績之銓敘審定事項及本科業務有關法令之擬議、解釋事項。
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