第12條南院處掌理事項如下：一、南部院區文物之典藏、管理、研究、出版及展覽。二、南部院區文物之保存、維護及徵集。三、南部院區教育推廣活動與觀眾服務之規劃、執行及志工訓練管理。四、南部院區整體營運、行政管理與營繕工程之規劃及執行。五、其他有關南部院區事項。