第36條國家多目標醫用迴旋加速器中心掌理事項如下：一、迴旋加速器運轉、正子化學與製藥、正子電腦斷層造影與有關之輻射防護、儀器維護、配合國內醫療、教學與研究機構需要之正子放射性同位素診療、訓練及研究發展。二、支援建教合作醫療院所有關迴旋加速器醫療及教學相關業務。三、其他有關迴旋加速器醫療事項。