本院設下列部、中心、室：一、內科部，分十科辦事。
二、外科部，分八科辦事。
三、骨科部，分六科辦事。
四、婦女醫學部，分五科辦事。
五、兒童醫學部，分七科辦事。
六、復健醫學部，分三科辦事。
七、放射線部，分八科辦事。
八、核醫部，分三科辦事。
九、精神醫學部，分五科辦事。
十、急診部，分三科辦事。
十一、眼科部，分五科辦事。
十二、耳鼻喉頭頸醫學部，分三科辦事。
十三、腫瘤醫學部，分二科辦事。
十四、皮膚部，分二科辦事。
十五、病理檢驗部，分八科辦事。
十六、家庭醫學部，分三科辦事。
十七、傳統醫學部，分二科辦事。
十八、麻醉部，分五科辦事。
十九、重症醫學部，分二科辦事。
二十、胸腔部，分五科辦事。
二十一、泌尿部，分三科辦事。
二十二、口腔醫學部，分五科辦事。
二十三、藥學部，分三科辦事。
二十四、護理部。
二十五、教學部，分二科二組辦事。
二十六、醫學研究部，分四科辦事。
二十七、營養部，分二科辦事。
二十八、醫務企管部，分五組辦事。
二十九、神經醫學中心，分九科辦事。
三十、健康管理中心，分三科辦事。
三十一、高齡醫學中心，分二科辦事。
三十二、國家多目標醫用迴旋加速器中心，分一科四組辦事。
三十三、身障重建中心，分一科二組辦事。
三十四、品質管理中心。
三十五、社會工作室，分二組辦事。
三十六、職業安全衛生室。
三十七、公共事務室，分三組辦事。
三十八、工務室，分四組辦事。
三十九、補給室，分三組辦事。
四十、總務室，分三組辦事。
四十一、人事室，分三組辦事。
四十二、政風室，分三組辦事。
四十三、主計室，分四組辦事。
四十四、資訊室，分四組辦事。
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