第4條本院設下列中心、室：一、綜合規劃及人力培訓中心。二、海洋政策及文化研究中心。三、海洋科學及資訊研究中心。四、海洋生態及保育研究中心。五、海洋產業及工程研究中心。六、秘書室。七、人事室。八、主計室。