第5條本會設下列處、中心、室：一、綜合規劃處，分六科辦事。二、經濟發展處，分六科辦事。三、社會發展處，分六科辦事。四、產業發展處，分六科辦事。五、人力發展處，分六科辦事。六、國土區域離島發展處，分六科辦事。七、管制考核處，分六科辦事。八、資訊管理處，分六科辦事。九、法制協調中心，分三科辦事。十、秘書室，分五科辦事。十一、人事室，分二科辦事。十二、政風室。十三、主計室，分二科辦事。