秘書處掌理事項如下：一、印信典守及文書、檔案之管理。
二、議事、出納、財務、營繕、採購及其他事務管理。
三、本部辦公廳、宿舍等不動產之取得及管理配置。
四、本部辦公廳、宿舍新建、擴建、遷建等營繕工程之審查、協調及督導。
五、本部所屬機關辦公廳、宿舍、檔案、財產、車輛管理之督導考核及工程施工查核。
六、國會聯絡、媒體公關事務之政策規劃、研擬、執行及管考。
七、工友（含技工、駕駛）及駐衛警之管理。
八、本部及所屬機關、主管財團法人與行政法人採購稽核、公共工程查核及本部補助科學技術研究發展採購查核事宜。
九、不屬其他各司、處事項。
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