第5條依第三條提出獎勵申請並經審查通過者，獎勵標準額度採發電量每度新臺幣零點五元，並依下列規定計算核發獎勵金：獎勵金（元）＝實際售電量（度）×獎勵標準額度（元／度）。獎勵金最高不得逾獎勵期間之營運操作費用；實際售電量係以其他燃料發電產生者，不予計入。獎勵金預算每年以新臺幣二千萬元為限，依沼氣發電業者申請順序審核撥款。但當年度溫室氣體管理基金預算不敷支應時，即停止獎勵。