第6條為收治需隔離治療之傳染病病人，主管機關得指定隔離醫院，並自其中指定應變醫院。前項醫院之指定作業程序，得以下列方式之一為之：一、由地方主管機關就轄區特性、醫療設施分布，醫院軟硬體及收治量能等，選擇適當之醫療院所指定為隔離醫院；並得依轄區特殊防疫需要，指定應變醫院。二、由區指揮官就網區醫療資源分配，自前款隔離醫院名單中選擇適當之醫療院所，送請中央主管機關指定為應變醫院。三、由中央主管機關逕予指定。