第12條於中央流行疫情指揮中心成立期間，隔離醫院應依中心指揮官或區指揮官指示優先收治傳染病病人，並於必要時進行啟動。前項期間，各級醫療院所及中心指揮官指示設立之隔離場所，應配合傳染病防治醫療網之運作。區指揮官經評估有啟動隔離醫院或請求跨區協助支援時，應以書面報經中心指揮官同意；遇有緊急狀況時，得先以口頭報准，並於啟動後三日內補送書面。啟動之解除，以中心指揮官指示之日期或中央流行疫情指揮中心解散當日為解除日。指揮中心得先口頭通知被啟動醫院，並於啟動解除後三日內補送書面。