第5條企劃組掌理事項如下：一、傳染病防治相關法制、訴願及國家賠償。二、傳染病防治政策與科技發展之規劃及考核。三、防疫人員教育訓練之規劃及推動。四、國際與兩岸防疫技術合作之規劃及推動。五、其他有關企劃事項。