第11條疫情中心掌理事項如下：一、國內外傳染病疫情之監測蒐集、分析研判、報告及警訊發布。二、傳染病通報系統之規劃、建置及執行。三、民意、輿情之監測及回應。四、防疫衛生教育宣導之規劃及執行。五、疫情資料之加值應用。六、傳染病流行病學專業人員之培訓。七、疫情監測之研究發展。八、其他有關疫情監測事項。