商港服務費得提撥總額千分之五，交由行政院勞工委員會運用於提升港口相關工會人力服務品質之相關事項。
商港服務費之收入扣除前項經費後，應全部用於有收取商港服務費商港之建設，其用途如下：一、防波堤、航道、迴船池、助航設施、公共道路及自由貿易港區之資訊、門哨、管制設施等商港公共基礎設施。
二、基於航港政策需要及配合國際公約辦理之研究發展規劃、調查研究、參與國際港口相關組織、港口保全、管制與設備建置等支出。
三、配合航港發展需要有關之聯外交通設施、環保節能設施、污染防制設施、商港交通管理設施及商港土地取得等支出。
四、商港服務費之行政管理費用。
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