第5條本局設下列組、室、中心：一、企劃組，分三科辦事。二、航務組，分三科辦事。三、船舶組，分三科辦事。四、港務組，分四科辦事。五、船員組，分三科辦事。六、航安組，分四科辦事。七、秘書室，分四科辦事。八、人事室。九、政風室。十、主計室，分二科辦事。十一、資訊室。十二、北部航務中心，分六科辦事。十三、中部航務中心，分四科辦事。十四、南部航務中心，分六科辦事。十五、東部航務中心，分三科辦事。