第12條機關（構）依本辦法辦理創新標的之採購，應依政府採購法第三十五條規定，允許廠商提出替代方案，並應載明於招標文件。機關（構）於招標文件中規定允許廠商於得標後提出替代方案者，得定明獎勵措施，其獎勵額度，不受替代方案實施辦法第十三條之限制。