第3條本局局長綜理局務，副局長襄理局務，並設下列各課室、管理中心：一、水文課。二、設計課。三、工務課。四、品管課。五、經管課。六、養護課。七、資產課。八、曾文水庫管理中心。九、阿公店水庫管理中心。十、牡丹水庫管理中心。十一、甲仙攔河堰管理中心。十二、高屏溪攔河堰管理中心。十三、秘書室。十四、人事室。十五、會計室。十六、政風室。