第9條經管課職掌如下：一、各標的用水分配、調度、仲裁及移用補償事項。二、水資源營運合約訂定及經費核收業務。三、水權登記及管理業務。四、亢旱因應及停灌休耕補償事項。五、水資源聯合運用方案研究及資料管理事項。六、用水計畫書審查之相關事項。七、溫泉水權登記及管理業務。八、違規取水查處事項。九、堰壩蓄水範圍初審及會勘業務。十、其他臨時交辦事項。