連線通關之納稅義務人得選擇下列各款規定方式之一繳納稅費、保證金或其他款項：一、線上扣繳。
二、依進口貨物先放後稅實施辦法規定提供擔保，辦理先放後稅。
三、以匯款方式由往來銀行透過指定連線金融機構分別匯入國庫存款戶或海關專戶。
四、以現金向駐當地海關之代庫銀行收稅處繳納。
前項第一款及第二款規定之繳納方式，海關對於適用對象，啟用日期等事項，得視事實需要予以限制或變更。
第一項納稅義務人選擇同項第二款至第四款規定方式繳納者，應依連線核定所傳輸之稅費、保證金或其他款項應行繳納訊息，列印海關進出口貨物稅費繳納證或國庫專戶存款收款書，持憑繳納。
海關得憑連線金融機構傳輸之稅費、保證金或其他款項收訖訊息，由電腦自動核對紀錄相符後辦理放行等後續作業，免再以人工核對稅費繳納證或國庫專戶存款收款書存查聯及人工配單工作。
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