第9條保稅組掌理事項如下：一、保稅工廠、保稅倉庫、物流中心及免稅商店等保稅區之設立登記、變更及管理。二、加工出口區、科學工業園區等監管保稅區之查核及管理。三、自由貿易港區之查核及管理。四、保稅區貨物之進出口通關。五、保稅貨物進出口報單審核、副本核發及報單管理。六、進儲保稅區逾期不報關及逾期不退運貨物之處理。七、優質企業之認證、驗證及管理。八、違章及行政救濟案件之處理。九、進口原料稅自行具結記帳之辦理。十、其他有關保稅事項。