本關設下列組、室、分關：一、業務一組，分五課十八股辦事。
二、業務二組，分三課七股辦事。
三、稽查組，分四課十三股二艇辦事。
四、倉棧組，分二課八股辦事。
五、機動稽核組，分五課四股辦事。
六、法務緝案組，分三課三股辦事。
七、秘書室，分六股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、資訊室，分三股辦事。
十二、五堵分關，分六課二十三股辦事。
十三、桃園分關，分四課十二股辦事。
十四、八里分關，分四課十四股辦事。
十五、花蓮分關，分三課五股二艇辦事。
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