第13條法務一科掌理事項如下：一、營利事業所得稅、營業稅行政救濟案件之審理及管制。二、營利事業所得稅、營業稅違章案件之審理、裁罰及管制。三、違反記帳士法第三十四條案件之審理、處罰及行政救濟之擬議。四、稅務法令之整理、彙編及適用疑義之研議。五、刑事訴訟案件之處理（不含開立不實統一發票營業人案件）。六、國家賠償案件之處理。七、其他有關營利事業所得稅、營業稅之法務事項。