本署設下列組、室、事務大隊：一、入出國事務組，分五科辦事。
二、移民事務組，分六科辦事。
三、國際及執法事務組，分五科辦事。
四、移民資訊組，分六科辦事。
五、秘書室，分六科辦事。
六、人事室，分三科辦事。
七、政風室，分二科辦事。
八、主計室，分三科辦事。
九、北區事務大隊，分十二隊、七服務站、二所、四十四分隊辦事。
十、中區事務大隊，分十二隊、八服務站、二所、四十二分隊辦事。
十一、南區事務大隊，分十二隊、十服務站、一所、三十九分隊辦事。
十二、國境事務大隊，分十六隊、四十二分隊辦事。
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