本辦法依財團法人法（以下簡稱本法）第九條、第二十一條第三項、第二十四條第三項、第五十條第二項及第六十一條第二項規定訂定之。
原住民族委員會（以下簡稱本會）主管財團法人設立時，依本法第九條第一項規定所定捐助財產之最低總額為新臺幣五百萬元。
前項捐助財產之現金總額比率不得低於三分之一。
本法第二十一條第二項第三款之一定金額，定為新臺幣五十萬元。
適用本法第二十四條第二項之本會主管財團法人，為在法院登記之財產總額達新臺幣一億元以上或年度收入總額達新臺幣一千萬元以上者，並應依第五條訂定誠信經營規範。
財團法人為建立誠信經營之文化及健全運作，應依下列指導原則，訂定誠信經營規範，經董事會通過，報經本會備查後實施，並送各監察人：一、財團法人之董事、監察人、經理人、員工於從事業務有關行為之過程中，不得有直接或間接提供、承諾、要求或收受任何不正當利益之不誠信行為，或做出其他違反誠信、不法等行為。
二、財團法人應依業務性質，就前款所稱其他違反誠信、不法行為，明定其具體範圍。
三、財團法人應設置或指定專責單位，負責制定具體誠信經營及防範不誠信行為方案，包含作業程序、行為指南及教育訓練，並監督執行。
四、財團法人應就第一款之不誠信行為或不法行為訂定檢舉制度，包含指派檢舉受理專責人員或單位及相關處理程序。
五、財團法人應明定違反誠信經營規範之懲戒與申訴制度，並即時於財團法人內部揭露違反人員之職稱、姓名、違反日期、違反內容及處理情形等資訊。
本會主管政府捐助之財團法人之基金，全部或一部係由依法律設立之公法人捐助或捐贈者，本會依規定為其遴聘之董事或監察人，其中應有一定比例由原捐助或捐贈之公法人推薦代表擔任；其比例及推薦方式如下：一、由公法人推薦代表擔任之董事、監察人人數，占財團法人董事、監察人總人數之一定比例，應依每次改選時，該公法人所捐助或捐贈基金數額之合計數，占該財團法人基金總額之比例；其非整數時，以四捨五入方式計算。
二、公法人代表人選之推薦方式，應以書面敘明推薦之理由及被推薦者之簡歷，檢具足資證明之文件後，報請本會遴聘之。
本會主管政府捐助之財團法人之董事、監察人為軍公教人員者，其兼職費之支給，除法規另有規定外，依軍公教兼職費支給規定辦理；董事、監察人非為軍公教人員者，其兼職費之支給，得比照軍公教人員兼職費支給規定辦理。
前項兼職費支給基準，應報本會核准。
其變更時，亦同。
本會主管政府捐助之財團法人之董事長與其他從業人員之薪資，應衡酌設置性質、規模、人專業性、責任輕重、民間薪資水準及專業人才市場供需等因素，於不超過中央部會特任首長待遇範圍內，訂定薪資支給基準，報本會核准。
其變更時，亦同。
本會主管政府捐助之財團法人對於其董事長與其他從業人員之獎金及其他相當於獎金之給與，應訂定支給項目、對象、數額及條件之管理規範，報本會核准。
管理規範變動時，亦同。
前項財團法人有設定具體財務績效指標，並經本會核准及評核者，該等財團法人得依其績效表現，每人每年支給獎金及其他相當於獎金之給與，以每人每年最高提撥四點四個月薪給為總獎金之上限。
本會主管政府捐助之財團法人應定期檢討前三項薪資支給基準及管理規範之合理性，向董事會提出報告，並經董事會決議後，送本會備查。
本會主管政府捐助之財團法人列入基金之財產，其管理與運用方法或投資項目如有變動，應於變動之日起三十日內，檢具相關資料送本會備查。
本會主管政府捐助之財團法人於年度工作終了時，本會得辦理該年度績效評估。