本辦法依據癌症防治法(以下簡稱本法)第十一條第二項規定訂定之。
中央主管機關為建立癌症篩檢資料庫，得請醫療機構提報下列資料：一、基本資料：姓名、身分證統一編號或護照號碼、性別、出生日期、戶籍地址、現居住地址、電話、病歷號碼、相關疾病史及其他基本資料。
二、篩檢資料：篩檢方式、篩檢結果及其他篩檢資料。
三、篩檢陽性個案確認診斷資料：確認診斷結果、診斷方式、細胞學或組織病理學結果、手術後病理報告、期別、側性及其他確認診斷資料。
四、其他因推廣癌症防治業務所需資料。
前項第一及第二款資料應於個案接受篩檢日之次月一日起六十日內向中央主管機關所委託學術研究機構提報。
第一項第三款資料應於篩檢陽性個案接受確認診斷日之次月一日起六十日內向中央主管機關所委託學術研究機構提報。
中央主管機關為建立新診斷癌症個案之資料庫，得請醫療機構提報下列資料：一、基本資料：姓名、身分證統一編號或護照號碼、性別、出生日期、戶籍地鄉鎮代碼、電話、病歷號碼及其他基本資料。
二、診斷及治療資料：診斷結果、診斷依據、最初診斷日期、初次診斷醫院、癌症部位別、細胞學或組織病理學結果、手術後病理報告、期別、側性、治療方式、治療結果、後續追蹤及其他相關診斷及治療資料。
三、其他因推廣癌症防治業務所需資料。
前項資料應於個案經首次診斷後十二個月以內向中央主管機關所委託學術研究機構提報，中央主管機關應支付每案新臺幣四十五元，如其申報內容包含期別、詳細治療與追蹤者，每案支付上限為新臺幣一百八十元。
醫療機構如未於規定期限內提報，並經主管機關通知二個月以內仍未提報者，依本法第十七條規定處罰。
醫療機構應以網路、磁片或書面方式向中央主管機關所委託之學術研究機構提報癌症防治相關資料。
中央主管機關委託學術研究機構建立相關癌症防治資料庫，應於委託計畫或年度預算中編列給付醫療機構提報癌症防治相關資料之費用。
受中央主管機關委託之學術研究機構，因建立癌症防治資料庫，而知悉或持有他人秘密，應遵循「電腦處理個人資料保護法」各項規定。