本辦法依食品安全衛生管理法（以下簡稱本法）第四十三條第二項規定訂定之。
檢舉人檢舉違反本法規定案件時，得以書面、言詞、電子郵件或其他方式敘明下列事項，向主管機關提出：一、檢舉人姓名、國民身分證統一編號、聯絡方式及地址。
二、被檢舉人姓名與地址，或被檢舉公司（商號）名稱、負責人姓名及營業地址。
三、涉嫌違反本法規定之具體事項、違規地點、相關資料或可供調查之線索。
前項第二款、第三款事項，檢舉人無法查明者，得免敘明。
以言詞檢舉者，應由受理檢舉機關作成紀錄，並與檢舉人確認其檢舉內容。
受理檢舉機關對檢舉事項無管轄權者，應於確認管轄機關後七日內移送該機關，並通知檢舉人。
主管機關對前條之檢舉，應迅速確實處理，並將處理情形於三十日內，通知檢舉人。
因檢舉而查獲違反本法規定情事者，直轄市、縣（市）主管機關得發給檢舉人至少罰鍰實收金額百分之二十之獎金；違反本法第十五條第一項第七款、第八款、第十款規定者，得發給檢舉人至少罰鍰實收金額百分之五十之獎金。
前項獎金，由直轄市、縣（市）主管機關編列預算支應之。
有下列情形之一者，除得發給前條獎金外，主管機關得視檢舉內容及對案件查獲之貢獻程度，另發給檢舉人新臺幣十萬元以上二百萬元以下之獎金；檢舉人現為或曾為被檢舉人之受僱人者，其獎金上限得提高至新臺幣四百萬元：一、犯本法第四十九條第一項至第三項之罪。
二、其他重大違規情事。
前項獎金，得於該檢舉案件之行政罰鍰處分書送達或檢察機關起訴後發給之。
直轄市、縣（市）主管機關發給第一項獎金，由其編列預算支應；食品安全保護基金並得酌予補助。
中央主管機關發給第一項獎金，由食品安全保護基金補助之。
依前二條規定發給檢舉人之獎金，其檢舉內容獲無罪判決或行政處分經廢止、撤銷，且非檢舉不實所致者，得不予追回。
檢舉有下列情形之一者，不予獎勵：一、匿名或姓名不實。
二、無具體內容。
三、主管機關或其他機關已發覺違反本法規定之案件。
二人以上聯名檢舉之案件，其獎金由全體檢舉人具領；二人以上分別檢舉案件而有相同部分者，其獎金發給最先檢舉者；無法分別先後時，平均發給之。
主管機關或其他機關對於檢舉人之姓名、年齡、住址、文書、圖畫、消息、相貌、身分資料或其他足資辨別檢舉人之物品，應予保密；如有洩密情事，應依刑法或其他法律處罰或懲處。
對於檢舉人之檢舉書、筆錄或其他資料，應以密件保存，並禁止第三人閱覽或抄錄。
受理檢舉之各級主管機關對於檢舉人之安全，於必要時得洽請當地警察機關提供保護。
檢舉人因檢舉案件而有受威脅、恐嚇或其他危害行為之虞者，直轄市、縣（市）主管機關應洽請警察機關依法處理。