第一章總則
本辦法依規費法第十條及植物防疫檢疫法第二十一條規定訂定之。
本辦法所稱檢疫規費，包括檢疫費、作業費及工本費：一、檢疫費：指動植物疫病蟲害檢查相關費用。
二、作業費：（一）臨場費。
（二）動物繫留費，包括場地費及檢測費。
（三）動物屍體焚燬費。
（四）延長作業費。
（五）檢疫處理費：燻蒸、消毒、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬等費用。
（六）申報資料鍵輸費。
三、工本費：（一）檢疫標識工本費。
（二）各種檢疫證明書分割、補發、換發、繕發副本等工本費。
檢疫規費以新臺幣元計收。
援助或救濟之物資持有政府機關證明文件者，免收檢疫規費。
第二章檢疫費
檢疫費按輸出檢疫物品離岸價格或輸入檢疫物品完稅價格之千分之一計收。
但輸入檢疫物品為小麥、大麥、玉米、黃豆者，按其完稅價格之千分之○．五計收。
輸出動植物特定疫病或有害生物之採樣檢查，其費用依下列規定按每批每種動物疫病或植物有害生物收取。
但動物特定疫病檢查有急迫需求者，加倍計收之：一、酵素結合免疫吸附法，計收一千元。
二、聚合連鎖反應試驗，計收一千六百元。
三、反轉錄聚合連鎖反應試驗，計收二千一百元。
四、即時反轉錄聚合連鎖反應試驗，計收三千一百元。
五、病毒分離試驗，計收三千六百元。
檢疫物品之輸出人、輸入人（以下簡稱申請人）或其代理人應於申請檢疫時，繳驗結匯證件或其他銷貨證件，以憑計收檢疫費。
未能於申請檢疫時繳驗者，得於發證前補行繳驗。
但經有關機關授權產銷團體統一計價者，得免繳驗。
免辦輸入、輸出許可證之檢疫物品，其檢疫費依下列規定計收：一、輸入檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗經報關人簽章之外貨進口報單或國外出口商商業發票等結匯證件計收。
二、輸出檢疫物品，依申請人或其代理人於申請檢疫時繳驗信用狀或經報關人簽章之國貨出口報單計收。
但在廠場當地申請檢疫者，依繳驗國內銷貨發票、商業發票或其他價格證明計收。
檢疫物品有下列情形之一者，免收檢疫費：一、軍用物資持有軍事機關證明文件。
二、進口軍、公糧食持有糧政機關證明文件。
三、在旅客及服務於車船航空器人員攜帶動植物檢疫物檢疫作業辦法（以下簡稱攜帶檢疫作業辦法）第二條第一項及經郵寄方式輸出入植物檢疫物檢疫作業辦法（以下簡稱郵寄檢疫作業辦法）第二條第一項第一款所定限額內。
四、輸出生鮮、冷藏或冷凍畜禽肉類已繳納屠宰衛生檢查費。
輸出檢疫物品以外幣為貨款者，按財政部關務署訂定每旬報關適用外幣匯率表換算為新臺幣，核計檢疫費。
第三章作業費
動植物檢疫機關派員執行臨場檢疫、檢疫處理、押運、設施或場地審查等檢疫業務，依下列規定計收臨場費：一、每人每次五百元。
但無法於當日往返者，其費用依國內出差旅費報支要點規定之各項費用基準計收。
二、每批檢疫物品計收檢疫人員一人次之臨場費。
三、同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，計收檢疫人員一人次之臨場費。
前項各款情形於檢疫物品數量過多，非一人一日所能完成者，動植物檢疫機關得依實際派員及日數，計收臨場費。
動植物檢疫機關於港、站之倉儲、貨櫃場或其他場所設置派駐辦公處所，並派員執行檢疫業務者，免收臨場費。
輸出入動物須送動植物檢疫機關所備場所隔離檢疫者，或經核准在其他指定場所隔離檢疫者，依附表一動物繫留費收費基準計收動物繫留費。
逾越檢疫繫留規定時限後之繫留費，依延長繫留日數計收場地費及延長作業費。
在其他指定場所隔離者，經檢疫機關派員臨場檢疫者，依前條第一項及第二項規定計收臨場費，免收場地費。
輸出入之動物在隔離檢疫期間死亡，其屍體經焚燬處理者，依附表二動物屍體焚燬費收費基準計收動物屍體焚燬費。
申請人或其代理人申請延長檢疫作業者，依下列規定辦理：一、延長作業依工作性質區分為檢疫延長作業及動物隔離檢疫延長作業。
二、延長作業時間區分如下：（一）平常日延長作業時間為上午六時至上班前，中午休息時間及下班後至下午十時前。
（二）假日延長作業時間為上午六時至下午十時。
（三）特別延長作業時間為每日下午十時後至翌日上午六時前。
三、檢疫延長作業費依下列規定計收：（一）平常日延長作業費每批二百元。
（二）假日延長作業費每批一千元。
（三）特別延長作業費每批二千元。
（四）執行檢疫業務跨越前款不同作業時間者，僅收較高延長作業費之費用。
四、動物隔離檢疫延長作業費依下列規定計收：（一）平常日延長作業費每次二千元。
（二）假日延長作業費每次二千五百元。
（三）特別延長作業費每次三千元。
五、經核准註銷延長作業者，其所繳之延長作業費應發還，或於其次批檢疫物品申請檢疫時予以抵繳，並在申請書內註明。
六、第三款所定按批計收之檢疫延長作業費，同一申請人，申報多批存置於同一處所之檢疫物品，同時臨場檢疫者，其應繳延長作業費，按一批計收。
七、旅客及服務於車、船、航空器人員隨身攜帶動植物檢疫物品輸入，在攜帶檢疫作業辦法第二條第一項所訂限額內，不另計收延長作業費。
輸出入之檢疫物品經檢疫後，認須再為下列處理者，依下列規定計收檢疫處理費：一、燻蒸、消毒，依附表三計收檢疫處理費。
二、海沒、飼養、栽培、運送、銷燬：依實際支出計收檢疫處理費。
輸出入檢疫案件，除臨櫃自行繕打申請書或網路申報者外，每一申請案件計收申報資料鍵輸費一百元。
第四章工本費
輸出檢疫物品依下列規定計收檢疫標識工本費：一、一般檢疫標識：每件一張，每張一元。
二、貨櫃專用檢疫標識：貨櫃每櫃一張，每張八十元。
旅客及服務於車、船、航空器人員攜帶檢疫物品輸出或經郵遞輸出植物檢疫物品在攜帶檢疫作業辦法第二條第一項及郵寄檢疫作業辦法第二條第一項第一款所訂限額內，免收檢疫標識工本費。
各種檢疫證明書之分割、補發、換發、繕發副本，每份新證明書計收工本費一百二十元。
第五章附則
本辦法修正施行前已排妥動物隔離場所者，其繫留費依修正前之收費基準計收費用。
本辦法自中華民國九十六年五月一日施行。
本辦法修正條文自發布日施行。