檢測基因轉殖植物之收費基準如下：一、以聚合連鎖反應法（PCR）定性檢測者，每樣品新臺幣一千元。
二、以即時聚合連鎖反應法（Real-timePCR）定量檢測者，每樣品新臺幣一千二百元。
採用前項以外之其他檢測方法者，依聚合連鎖反應法定性檢測之收費基準收費。
前二項檢測收費，不包含取樣費用；每樣品以檢測三個轉殖品項為限，超過者視為另一樣品。
檢測植物病原之收費基準如下：一、以反轉錄聚合連鎖反應法（RT-PCR）檢測者，每樣品、每病原新臺幣一千五百元。
二、以聚合連鎖反應法（PCR）檢測者，每樣品、每病原新臺幣一千元。
三、以酵素連結免疫吸附法（ELISA）檢測者，每樣品、每病原新臺幣五十元。
採用前項以外之其他檢測方法者，依聚合連鎖反應法之收費基準收費。
前二項檢測收費，不包含取樣費用。
辦理外出取樣之收費基準如下：一、取樣樣品四件以下，每次取樣費用為新臺幣三千五百元。
二、取樣樣品五件至八件，每次取樣費用為新臺幣六千元；超過八件，每增加一件加收新臺幣六百元。
外出取樣人員所需交通費及住宿費，另由行政院農業委員會種苗改良繁殖場（以下簡稱本場）參照中央機關國內出差旅費報支要點所定基準收取之。
委託進行基因轉殖植物或植物病原檢測時，需先與本場聯繫填寫「樣品委託檢驗單」，並完成相關費用繳納之程序後，始得進行檢測。