經濟部（以下簡稱本部）為加強水資源、溫泉之管理及永續利用，特依水利法第八十九條之一規定，設置水資源作業基金（以下簡稱本基金），並依預算法第二十一條規定，訂定本辦法。
本基金為預算法第四條第一項第二款所定之特種基金，編製附屬單位預算，以本部為主管機關，下設溫泉事業發展基金，編製附屬單位預算之分預算。
本基金之來源如下：一、由政府循預算程序之撥款。
二、本部興辦水利事業、水庫蓄水範圍、海堤區域、河川區域或排水設施範圍之使用費收入。
三、本部辦理水庫、河川或排水設施之清淤疏濬，所得砂石之出售收入。
四、自來水法第十二條之二規定之水源保育及回饋費收入。
五、自來水法第十二條之四規定應繳還本基金之水源保育及回饋費收入。
六、耗水費收入。
七、本基金之孳息收入。
八、溫泉事業發展基金收入。
九、其他有關收入。
前項第八款所定溫泉事業發展基金之來源，為依溫泉法第十一條第三項規定，由直轄市、縣（市）主管機關提撥徵收溫泉取用費十分之一之收入。
本基金之用途如下：一、辦理水庫、海堤、河川或排水設施管理及清淤疏濬之支出。
二、辦理水庫、海堤、河川或排水設施之災害搶修搶險之支出。
三、辦理水庫更新改善之支出。
四、相關人才培訓之支出。
五、辦理回饋措施之支出。
六、水資源調配支出。
七、自來水法第十二條之二第三項、第六項及第十二條之四第二項所定支用項目之支出。
八、自來水法第十二條之四第一項所定支用項目之支出。
九、水利法第八十四條之一第四項所定耗水費支用項目之支出。
十、溫泉事業發展基金支出。
十一、管理及總務支出。
十二、其他有關支出。
前項第十款所定溫泉事業發展基金之用途，為溫泉法第十一條第三項所定之支用項目。
前條第一項第四款之收入，應設置專戶，於扣除徵收之相關費用後，分作各水質水量保護區專供第一項第七款用途之用。
前條第一項第五款之收入，應設置專戶，撥交各該水質水量保護區所屬縣市、直轄市政府專供第一項第八款用途之用。
前條第一項第六款之收入，應設置專戶專供第一項第九款用途之用。
前條第一項第四款至第六款及第八款以外之收入，不得支用於第一項第七款至第十款之用途。
本基金之收支、保管及運用，應設水資源作業基金管理會（以下簡稱本會），置委員十三人至十五人；其中一人為召集人，由本部部長或派員兼任；一人為副召集人，由本部派員兼任；其餘委員，由本部就有關機關（構）代表或學者、專家聘兼之。
本會每四個月開會一次，必要時得召開臨時會議，均由召集人召集之；召集人因事不能召集時，由副召集人代理；召集人、副召集人均因事不能出席時，由召集人指定委員一人代理。
本會之任務如下：一、本基金收支、保管及運用之審議。
二、本基金年度預算及決算之審議。
三、本基金運用執行情形之考核。
四、其他有關事項。
本會置執行秘書一人，副執行秘書一人及幹事若干人，均由本部現有員額派兼之。
本會委員及派兼人員均為無給職。
本基金之保管及運用應注重收益性及安全性，其存儲並應依公庫法及其相關法令規定辦理。
本基金為應業務需要，得購買政府公債、國庫券或其他短期票券。
本基金有關預算編製與執行及決算編造，應依預算法、會計法、決算法、審計法及相關法令規定辦理。