國防部為辦理海軍軍事事務，特設國防部海軍司令部（以下簡稱本部）。
本部掌理下列事項：一、政治作戰之規劃、督導及執行。
二、督察、艦艇檢驗、軍醫與法律事務之規劃、督導及執行。
三、人事管理、人事勤務、一般行政、史政編譯與教育之規劃、督導及執行。
四、軍事情報分發、運用之規劃、督導及執行。
五、作戰整備、部隊訓練、準則發展運用與協助災害防救之規劃、督導及執行。
六、後備動員事務之規劃、督導及執行。
七、後勤事務協調、管制、督導；軍品管理與軍種專用後勤整備之規劃、督導及執行。
八、建軍政策與武器系統之規劃、督導及執行。
九、通信電子資訊、主計業務之規劃、督導及執行。
十、其他事務之規劃、督導及執行。
本部為掌理前條所列事項，得設處、室，並得視業務需要分組、中心辦事。
本部為執行海軍作戰及建軍備戰之需要，得設指揮、訓練、專業、執行、支援、研究發展等機構及部隊；其組織以編組裝備表定之。
本部置司令一人，海軍上將；副司令二人、參謀長一人，均為海軍中將。