本標準依濕地保育法（以下簡稱本法）第十五條第五項規定訂定之。
排水進入重要濕地之入流水水質項目及限值如下表。
但重要濕地為以污水處理為目的之人工濕地者，或該流域已有相關污染整治計畫者，依該計畫內容規定：┌──┬─────────────────┬────┐││限值│││項目├─────┬─────┬─────┤備註│││國際級│國家級│地方級││├──┼─────┴─────┴─────┼────┤│水溫│不得超過本法第十五條第一項第四款水│以重要濕│││資源系統中水體基礎調查之當季平均溫│地範圍或│││度攝氏正、負二度。
│重要濕地│├──┼─────┬─────┬─────┤保育利用││氨氮│五點零（毫│七點五（毫│八點五（毫│計畫指定│││克／公升）│克／公升）│克／公升）│重要濕地│├──┼─────┼─────┼─────┤內之地點││硝酸│二十五點零│三十七點五│四十二點五│為準。
││鹽氮│（毫克／公│（毫克／公│（毫克／公││││升）│升）│升）││├──┼─────┼─────┼─────┤││總磷│二點零（毫│二點零（毫│二點零（毫││││克／公升）│克／公升）│克／公升）││├──┼─────┼─────┼─────┤││生化│十五點零（│二十二點五│二十五點五│││需氧│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公│││量│）│升）│升）││├──┼─────┼─────┼─────┤││化學│五十點零（│七十五點零│八十五點零│││需氧│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公│││量│）│升）│升）││├──┼─────┼─────┼─────┤││懸浮│十五點零（│二十二點五│二十五點五│││固體│毫克／公升│（毫克／公│（毫克／公││││）│升）│升）││├──┼─────┴─────┴─────┤││酸鹼│不得超過本法第十五條第一項第四款水│││值│資源系統中水體基礎調查之平均值正、││││負一。
││└──┴─────────────────┴────┘符合重要濕地保育利用計畫允許明智利用項目之新建建築物，其入流水項目及限值得依放流水標準相關規定辦理。
前二項入流水項目及限值於重要濕地保育利用計畫另有較嚴格之規定者，從其規定。
第一項入流水限值檢測方法，依水污染防治法及相關規定辦理。
重要濕地內給水之地面水或伏流水，應依水利法規定辦理水權登記，其每日引用水量不得超過下列基準之一。
但以循環方式利用重要濕地水資源者，不在此限：一、地面水或伏流水流量超越機率百分之九十之十分之一。
二、周邊地面水每日流入重要濕地水量之十分之一。
三、重要濕地每日流出水量之十分之一。
重要濕地內給水之灌溉水質基準及蓄水之水質基準，應符合地面水體分類及水質標準陸域地面水體戊類之相關規定。
重要濕地內放淤之水質基準，應維持水污染防治法地面水體分類及水質標準之陸域地面水體戊類相關規定；放淤後之剩餘水量，應維持該重要濕地地面水流量超越機率百分之九十五，且懸浮固體限值不受第二條規定限制。
重要濕地內之投入，應以為改善水質或生態有使用藥品之必要者為限。
依本法第十五條第一項所定之重要濕地保育利用計畫或依第二十七條第一項所定之審查開發許可或利用行為，定有較本標準更嚴格規定者，從其規定。