第二課掌理嘉義市政府及其所屬機關之特種公務、公有營業及公有事業與財物報損報廢審計（嘉義市政府、社會處主管之特種基金及財物報損報廢審計除外）暨嘉義市政府環境保護局、文化局、財政稅務局、消防局及衛生局主管之普通公務及財物報損報廢審計，辦理下列事項：一、關於所管機關、基金及特別預算已核定之分配預算或分期實施計畫及收支估計表與各項支付法案之查核登記事項。
二、關於所管機關簽發之撥（付）款或轉帳憑單、市庫庫款收支及財物保管情形之抽查事項。
三、關於所管機關、基金、市庫、市有財物及特別預算等會計報告、半年結算報告、相關資訊檔案及經通知檢送原始憑證或有關資料之審（查）核事項。
四、關於所管機關、基金績效報告及內部審核報告之考核事項。
五、關於所管機關、基金債款之舉借及其契約之備查事項。
六、關於所管機關、基金財務效能之考核、財務責任之核定、財務上不法或不忠於職務之行為及其他專案之調查事項。
七、關於所管機關、基金投資民營事業與公款補（捐）助團體或私人及財團法人之應行審計事項。
八、關於所管徵收機關賦稅捐費收入之查定、徵收、劃解及納庫之抽查事項。
九、關於市有財產之取得、保管、使用、收益、處分及珍貴動產、不動產管理狀況之抽查事項。
十、關於所管機關、基金財務收支之抽查事項。
十一、關於所管機關公債之發行、還本、付息及債票、息票處理之抽查事項。
十二、關於市庫年度出納終結報告、債款目錄、投資目錄及市有財產總目錄之審核編報事項。
十三、關於市總預算半年結算報告（含附屬單位預算及綜計表）之查核事項。
十四、關於所管機關、基金決算及特別決算之審核及審定；市總決算（含附屬單位決算及綜計表）、特別決算之審核及審核報告之編報事項。
十五、關於所管機關、基金會計制度及有關內部審核規章之會商事項。
十六、關於所管基金固定資產重估價有關紀錄之審核事項。
十七、關於所管機關、基金已屆保管年限之會計憑證、簿籍、報表等，報請同意銷毀或移交保管案件之核復事項。
十八、關於所管機關、基金經管現金、票據、證券、財物或其他資產之遺失、毀損，或因其他意外事故而致損失者暨財物報廢之審核事項。
十九、關於市議會諮詢所管機關公務或公有營業及公有事業與財物報損報廢審計案件之擬復事項。
二十、關於所管機關、基金函請解釋有關公務或公有營業及公有事業與財物報損報廢審計法令之擬辦事項。
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